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S.No.
Riboswitch Location and Strand
Riboswitch class
Downstream gene location and Strand
Downstream gene name/gene product description
Locus_tag of downstream gene
Single gene/within operon (According to DOOR database)
Operon details (List of genes within operon and their Locus_tag)
Predicted Structure
1
1906998-1907084
(+)
c-di-GMP-I
1907197-1907785 (+)
O3Y_08370
O3Y_08370
single gene
DOOR ID:
3447953
O3Y_08370
View Structure
2
755079-755185
(+)
c-di-GMP-I
755302-756760 (+)
O3Y_17318
O3Y_17318
single gene
DOOR ID:
3448740
O3Y_17318
View Structure
3
145123-145326
(+)
cobalamin
145369-147205 (+)
O3Y_00700
O3Y_00700
Single gene
DOOR ID:
3447334
O3Y_00700
View Structure
4
1011271-1011409
(-)
FMN
1010499-1011156 (-)
ribB
O3Y_18453
Single gene
DOOR ID:
3448834
O3Y_18453
View Structure
5
1517454-1517553
(-)
glycine
1515984-1517361 (-)
O3Y_06595
O3Y_06595
Single gene
DOOR ID:
3447837
O3Y_06595
View Structure
6
1195994-1196176
(+)
lysine
1196291-1197893 (+)
O3Y_05270
O3Y_05270
Single gene
DOOR ID:
3447703
O3Y_05270
View Structure
7
232104-232276
(-)
lysine
230444-232025 (-)
O3Y_14463
O3Y_14463
Single gene
DOOR ID:
3448531
O3Y_14463
View Structure
8
414267-414444
(-)
lysine
412800-414156 (-)
O3Y_01800
O3Y_01800
Single gene
DOOR ID:
3447419
O3Y_01800
View Structure
9
1090042-1090181
(+)
MOCO
1091218-1091731 (+)
O3Y_04755
O3Y_04755
Operon
DOOR ID:
1334716
O3Y_04750,
O3Y_04755,
O3Y_04760,
O3Y_04765,
O3Y_04770
View Structure
10
1371935-1372045
(+)
TPP
1372104-1372953 (+)
O3Y_06030
O3Y_06030
Single gene
DOOR ID:
3447782
O3Y_06030
View Structure
11
2768700-2768837
(-)
TPP
2767643-2768636 (-)
tbpA
O3Y_12160
Operon
DOOR ID:
1334986
O3Y_12150,
O3Y_12155,
O3Y_12160
View Structure
12
59789-59887
(+)
TPP
59987-61925 (+)
O3Y_00285
O3Y_00285
Operon
DOOR ID:
1334545
O3Y_00310,
O3Y_00305,
O3Y_00300,
O3Y_00295,
O3Y_00290,
O3Y_00285
View Structure
13
1833006-1833175
(+)
ykoK
1833277-1834630 (+)
O3Y_08035
O3Y_08035
Single gene
DOOR ID:
3447923
O3Y_08035
View Structure
14
20081-20190
(+)
yybP-ykoY
20282-20837 (+)
O3Y_00100
O3Y_00100
Single gene
DOOR ID:
3447284
O3Y_00100
View Structure
Genome:
Vibrio cholerae IEC224
(
NC_016944.1
);
Taxonomy:
Gammaproteobacteria
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