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S.No.
Riboswitch Location and Strand
Riboswitch class
Downstream gene location and Strand
Downstream gene name/gene product description
Locus_tag of downstream gene
Single gene/within operon (According to DOOR database)
Operon details (List of genes within operon and their Locus_tag)
Predicted Structure
1
220063-220246
(+)
cobalamin
220311-222168 (+)
PAGR_g0199
PAGR_g0199
Operon
DOOR ID:
1062927
PAGR_g0199,
PAGR_g0200
View Structure
2
268751-268827
(+)
fluoride
268863-269298 (+)
PAGR_g0236
PAGR_g0236
Single gene
DOOR ID:
3689588
PAGR_g0236
View Structure
3
734328-734476
(+)
FMN
734586-735243 (+)
PAGR_g0701
PAGR_g0701
Single gene
DOOR ID:
3689750
PAGR_g0701
View Structure
4
1438131-1438199
(-)
SAH
1437025-1438111 (+)
PAGR_g1339
PAGR_g1339
Operon
DOOR ID:
1063142
PAGR_g1338,
PAGR_g1339,
PAGR_g1340,
PAGR_g1341,
PAGR_g1342,
PAGR_g1343
View Structure
5
1639719-1639815
(+)
TPP
1639846-1640647 (+)
PAGR_g1503
PAGR_g1503
Operon
DOOR ID:
1063179
PAGR_g1503,
PAGR_g1504
View Structure
6
2710074-2710247
(-)
ykoK
2708980-2710000 (-)
PAGR_g2497
PAGR_g2497
Single gene
DOOR ID:
3690441
PAGR_g2497
View Structure
7
3186090-3186223
(-)
MOCO
3184583-3185099 (-)
PAGR_g2937
PAGR_g2937
Operon
DOOR ID:
1063433
PAGR_g2934,
PAGR_g2935,
PAGR_g2936,
PAGR_g2937,
PAGR_g2938
View Structure
8
3787607-3787711
(+)
TPP
3787754-3788741 (+)
PAGR_g3504
PAGR_g3504
Operon
DOOR ID:
1063543
PAGR_g3504,
PAGR_g3505,
PAGR_g3506
View Structure
9
4140283-4140352
(+)
fluoride
4140430-4141339 (+)
PAGR_g3808
PAGR_g3808
Operon
DOOR ID:
1063606
PAGR_g3808,
PAGR_g3809,
PAGR_g3810,
PAGR_g3811,
PAGR_g3812
View Structure
10
4381499-4381691
(-)
lysine
4380035-4381388 (-)
PAGR_g4028
PAGR_g4028
Single gene
DOOR ID:
3691067
PAGR_g4028
View Structure
11
4422036-4422134
(+)
TPP
4422219-4424142 (+)
PAGR_g4057
PAGR_g4057
Operon
DOOR ID:
1063654
PAGR_g4057,
PAGR_g4058
View Structure
Genome:
Pantoea ananatis PA13
(
NC_017554.1
);
Phylum:
Gammaproteobacteria
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