About
Search
Advanced Search
Genomes
Predict
About us
S.No.
Riboswitch Location and Strand
Riboswitch class
Downstream gene location and Strand
Downstream gene name/gene product description
Locus_tag of downstream gene
Single gene/within operon (According to DOOR database)
Operon details (List of genes within operon and their Locus_tag)
Predicted Structure
1
142615-142717
(+)
SAM
142803-144378 (+)
LMLG_0025
LMLG_0025
Single gene
DOOR ID:
3681238
LMLG_0025
View Structure
2
320667-320786
(-)
SAM
319734-320556 (-)
LMLG_0765
LMLG_0765
Operon
DOOR ID:
1368097
LMLG_0765,
LMLG_0766,
LMLG_0767,
LMLG_0768
View Structure
3
350114-350219
(+)
TPP
350305-350980 (+)
LMLG_0735
LMLG_0735
Operon
DOOR ID:
1368103
LMLG_0732,
LMLG_0733,
LMLG_0734,
LMLG_0735
View Structure
4
606198-606299
(-)
purine
604808-606104 (-)
LMLG_0537
LMLG_0537
Single gene
DOOR ID:
3681414
LMLG_0537
View Structure
5
632994-633094
(-)
SAM
631607-632885 (-)
LMLG_0559
LMLG_0559
Operon
DOOR ID:
1368149
LMLG_0559,
LMLG_0558
View Structure
6
753798-753992
(+)
glmS
754077-755883 (+)
LMLG_2947
LMLG_2947
Single gene
DOOR ID:
3681473
LMLG_2947
View Structure
7
823825-824022
(-)
lysine
822274-823735 (-)
LMLG_2950
LMLG_2950
Single gene
DOOR ID:
3681505
LMLG_2950
View Structure
8
884322-884419
(+)
SAM
884513-885617 (+)
LMLG_2472
LMLG_2472
Operon
DOOR ID:
1368193
LMLG_2472,
LMLG_2473,
LMLG_2474
View Structure
9
909481-909528
(+)
PreQ1
909533-910022 (+)
LMLG_1354
LMLG_1354
Single gene
DOOR ID:
3681539
LMLG_1354
View Structure
10
1022680-1022783
(+)
yybP-ykoY
1022881-1023649 (+)
LMLG_2958
LMLG_2958
Single gene
DOOR ID:
3681570
LMLG_2958
View Structure
11
1159990-1160180
(+)
cobalamin
1160331-1161216 (-)
LMLG_2822
LMLG_2822
Single gene
DOOR ID:
3681615
LMLG_2822
View Structure
12
1178256-1178399
(+)
cobalamin
1178816-1179956 (+)
LMLG_1091
LMLG_1091
Single gene
DOOR ID:
3681616
LMLG_1091
View Structure
13
1196660-1196837
(+)
cobalamin
1196998-1198357 (+)
LMLG_1070
LMLG_1070
Operon
DOOR ID:
1368271
LMLG_1070,
LMLG_1069,
LMLG_1068,
LMLG_1067,
LMLG_1066,
LMLG_1065,
LMLG_1064,
LMLG_1063,
LMLG_2966,
LMLG_1060,
LMLG_1059,
LMLG_1058,
LMLG_1057,
LMLG_1056,
LMLG_1055,
LMLG_1054,
LMLG_1053,
LMLG_1052,
LMLG_1051
View Structure
14
1352965-1353056
(+)
glycine
1353139-1354228 (+)
LMLG_1932
LMLG_1932
Operon
DOOR ID:
1368302
LMLG_1932,
LMLG_1933,
LMLG_1934
View Structure
15
1441289-1441399
(-)
TPP
1440659-1441220 (-)
LMLG_1695
LMLG_1695
Single gene
DOOR ID:
3681691
LMLG_1695
View Structure
16
1696609-1696717
(-)
SAM
1695301-1696501 (-)
LMLG_1188
LMLG_1188
Single gene
DOOR ID:
3681762
LMLG_1188
View Structure
17
1719557-1719663
(-)
SAM
1717152-1719450 (-)
LMLG_1206
LMLG_1206
Operon
DOOR ID:
1368382
LMLG_1203,
LMLG_1204,
LMLG_1205,
LMLG_1206
View Structure
18
1939998-1940098
(-)
purine
1938023-1939331 (-)
LMLG_2255
LMLG_2255
Operon
DOOR ID:
1368424
LMLG_2255,
LMLG_2256
View Structure
19
2001662-2001784
(-)
FMN
2000860-2001472 (-)
LMLG_0487
LMLG_0487
Single gene
DOOR ID:
3681843
LMLG_0487
View Structure
20
2427963-2428081
(-)
SAM
2426851-2427496 (-)
LMLG_2153
LMLG_2153
Operon
DOOR ID:
1368525
LMLG_2155,
LMLG_2154,
LMLG_2153
View Structure
21
2704100-2704266
(-)
ykoK
2701244-2703815 (-)
LMLG_1312
LMLG_1312
Operon
DOOR ID:
1368587
LMLG_1310,
LMLG_1311,
LMLG_1312
View Structure
Genome:
Listeria monocytogenes Finland 1998
(
NC_017547.1
);
Phylum:
Firmicutes
a:22:{i:0;a:18:{i:0;s:5:"S.No.";i:1;s:9:"Genome_ID";i:2;s:11:"Genome_Name";i:3;s:13:"Taxonomy_name";i:4;s:6:"Tax_ID";i:5;s:19:"Riboswitch_Location";i:6;s:17:"Riboswitch_strand";i:7;s:16:"Riboswitch_class";i:8;s:14:"Tandem_Aptamer";i:9;s:24:"Downstream_gene_location";i:10;s:11:"Gene_Strand";i:11;s:20:"Downstream_gene_name";i:12;s:24:"Gene_product_description";i:13;s:9:"Locus_tag";i:14;s:25:"Single_gene/within_operon";i:15;s:9:"Operon_ID";i:16;s:14:"Operon_details";i:17;s:22:"Biological_process[GO]";}i:1;a:19:{i:0;i:1;i:1;s:11:"NC_017547.1";i:2;s:36:"Listeria monocytogenes Finland 1998 ";i:3;s:10:"Firmicutes";i:4;s:4:"1239";i:5;s:13:"142615-142717";i:6;s:1:"+";i:7;s:3:"SAM";i:8;s:0:"";i:9;s:13:"142803-144378";i:10;s:1:"+";i:11;s:9:"LMLG_0025";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"LMLG_0025";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"3681238";i:16;s:9:"LMLG_0025";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:2;a:19:{i:0;i:2;i:1;s:11:"NC_017547.1";i:2;s:36:"Listeria monocytogenes Finland 1998 ";i:3;s:10:"Firmicutes";i:4;s:4:"1239";i:5;s:13:"320667-320786";i:6;s:1:"-";i:7;s:3:"SAM";i:8;s:0:"";i:9;s:13:"319734-320556";i:10;s:1:"-";i:11;s:9:"LMLG_0765";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"LMLG_0765";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:7:"1368097";i:16;s:39:"LMLG_0765;LMLG_0766;LMLG_0767;LMLG_0768";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:3;a:19:{i:0;i:3;i:1;s:11:"NC_017547.1";i:2;s:36:"Listeria monocytogenes Finland 1998 ";i:3;s:10:"Firmicutes";i:4;s:4:"1239";i:5;s:13:"350114-350219";i:6;s:1:"+";i:7;s:3:"TPP";i:8;s:0:"";i:9;s:13:"350305-350980";i:10;s:1:"+";i:11;s:9:"LMLG_0735";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"LMLG_0735";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:7:"1368103";i:16;s:39:"LMLG_0732;LMLG_0733;LMLG_0734;LMLG_0735";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:4;a:19:{i:0;i:4;i:1;s:11:"NC_017547.1";i:2;s:36:"Listeria monocytogenes Finland 1998 ";i:3;s:10:"Firmicutes";i:4;s:4:"1239";i:5;s:13:"606198-606299";i:6;s:1:"-";i:7;s:6:"purine";i:8;s:0:"";i:9;s:13:"604808-606104";i:10;s:1:"-";i:11;s:9:"LMLG_0537";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"LMLG_0537";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"3681414";i:16;s:9:"LMLG_0537";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:5;a:19:{i:0;i:5;i:1;s:11:"NC_017547.1";i:2;s:36:"Listeria monocytogenes Finland 1998 ";i:3;s:10:"Firmicutes";i:4;s:4:"1239";i:5;s:13:"632994-633094";i:6;s:1:"-";i:7;s:3:"SAM";i:8;s:0:"";i:9;s:13:"631607-632885";i:10;s:1:"-";i:11;s:9:"LMLG_0559";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"LMLG_0559";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:7:"1368149";i:16;s:19:"LMLG_0559;LMLG_0558";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:6;a:19:{i:0;i:6;i:1;s:11:"NC_017547.1";i:2;s:36:"Listeria monocytogenes Finland 1998 ";i:3;s:10:"Firmicutes";i:4;s:4:"1239";i:5;s:13:"753798-753992";i:6;s:1:"+";i:7;s:4:"glmS";i:8;s:0:"";i:9;s:13:"754077-755883";i:10;s:1:"+";i:11;s:9:"LMLG_2947";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"LMLG_2947";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"3681473";i:16;s:9:"LMLG_2947";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:7;a:19:{i:0;i:7;i:1;s:11:"NC_017547.1";i:2;s:36:"Listeria monocytogenes Finland 1998 ";i:3;s:10:"Firmicutes";i:4;s:4:"1239";i:5;s:13:"823825-824022";i:6;s:1:"-";i:7;s:6:"lysine";i:8;s:0:"";i:9;s:13:"822274-823735";i:10;s:1:"-";i:11;s:9:"LMLG_2950";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"LMLG_2950";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"3681505";i:16;s:9:"LMLG_2950";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:8;a:19:{i:0;i:8;i:1;s:11:"NC_017547.1";i:2;s:36:"Listeria monocytogenes Finland 1998 ";i:3;s:10:"Firmicutes";i:4;s:4:"1239";i:5;s:13:"884322-884419";i:6;s:1:"+";i:7;s:3:"SAM";i:8;s:0:"";i:9;s:13:"884513-885617";i:10;s:1:"+";i:11;s:9:"LMLG_2472";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"LMLG_2472";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:7:"1368193";i:16;s:29:"LMLG_2472;LMLG_2473;LMLG_2474";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:9;a:19:{i:0;i:9;i:1;s:11:"NC_017547.1";i:2;s:36:"Listeria monocytogenes Finland 1998 ";i:3;s:10:"Firmicutes";i:4;s:4:"1239";i:5;s:13:"909481-909528";i:6;s:1:"+";i:7;s:5:"PreQ1";i:8;s:0:"";i:9;s:13:"909533-910022";i:10;s:1:"+";i:11;s:9:"LMLG_1354";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"LMLG_1354";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"3681539";i:16;s:9:"LMLG_1354";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:10;a:19:{i:0;i:10;i:1;s:11:"NC_017547.1";i:2;s:36:"Listeria monocytogenes Finland 1998 ";i:3;s:10:"Firmicutes";i:4;s:4:"1239";i:5;s:15:"1022680-1022783";i:6;s:1:"+";i:7;s:9:"yybP-ykoY";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"1022881-1023649";i:10;s:1:"+";i:11;s:9:"LMLG_2958";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"LMLG_2958";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"3681570";i:16;s:9:"LMLG_2958";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:11;a:19:{i:0;i:11;i:1;s:11:"NC_017547.1";i:2;s:36:"Listeria monocytogenes Finland 1998 ";i:3;s:10:"Firmicutes";i:4;s:4:"1239";i:5;s:15:"1159990-1160180";i:6;s:1:"+";i:7;s:9:"cobalamin";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"1160331-1161216";i:10;s:1:"-";i:11;s:9:"LMLG_2822";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"LMLG_2822";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"3681615";i:16;s:9:"LMLG_2822";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:12;a:19:{i:0;i:12;i:1;s:11:"NC_017547.1";i:2;s:36:"Listeria monocytogenes Finland 1998 ";i:3;s:10:"Firmicutes";i:4;s:4:"1239";i:5;s:15:"1178256-1178399";i:6;s:1:"+";i:7;s:9:"cobalamin";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"1178816-1179956";i:10;s:1:"+";i:11;s:9:"LMLG_1091";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"LMLG_1091";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"3681616";i:16;s:9:"LMLG_1091";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:13;a:19:{i:0;i:13;i:1;s:11:"NC_017547.1";i:2;s:36:"Listeria monocytogenes Finland 1998 ";i:3;s:10:"Firmicutes";i:4;s:4:"1239";i:5;s:15:"1196660-1196837";i:6;s:1:"+";i:7;s:9:"cobalamin";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"1196998-1198357";i:10;s:1:"+";i:11;s:9:"LMLG_1070";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"LMLG_1070";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:7:"1368271";i:16;s:189:"LMLG_1070;LMLG_1069;LMLG_1068;LMLG_1067;LMLG_1066;LMLG_1065;LMLG_1064;LMLG_1063;LMLG_2966;LMLG_1060;LMLG_1059;LMLG_1058;LMLG_1057;LMLG_1056;LMLG_1055;LMLG_1054;LMLG_1053;LMLG_1052;LMLG_1051";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:14;a:19:{i:0;i:14;i:1;s:11:"NC_017547.1";i:2;s:36:"Listeria monocytogenes Finland 1998 ";i:3;s:10:"Firmicutes";i:4;s:4:"1239";i:5;s:15:"1352965-1353056";i:6;s:1:"+";i:7;s:7:"glycine";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"1353139-1354228";i:10;s:1:"+";i:11;s:9:"LMLG_1932";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"LMLG_1932";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:7:"1368302";i:16;s:29:"LMLG_1932;LMLG_1933;LMLG_1934";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:15;a:19:{i:0;i:15;i:1;s:11:"NC_017547.1";i:2;s:36:"Listeria monocytogenes Finland 1998 ";i:3;s:10:"Firmicutes";i:4;s:4:"1239";i:5;s:15:"1441289-1441399";i:6;s:1:"-";i:7;s:3:"TPP";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"1440659-1441220";i:10;s:1:"-";i:11;s:9:"LMLG_1695";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"LMLG_1695";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"3681691";i:16;s:9:"LMLG_1695";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:16;a:19:{i:0;i:16;i:1;s:11:"NC_017547.1";i:2;s:36:"Listeria monocytogenes Finland 1998 ";i:3;s:10:"Firmicutes";i:4;s:4:"1239";i:5;s:15:"1696609-1696717";i:6;s:1:"-";i:7;s:3:"SAM";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"1695301-1696501";i:10;s:1:"-";i:11;s:9:"LMLG_1188";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"LMLG_1188";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"3681762";i:16;s:9:"LMLG_1188";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:17;a:19:{i:0;i:17;i:1;s:11:"NC_017547.1";i:2;s:36:"Listeria monocytogenes Finland 1998 ";i:3;s:10:"Firmicutes";i:4;s:4:"1239";i:5;s:15:"1719557-1719663";i:6;s:1:"-";i:7;s:3:"SAM";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"1717152-1719450";i:10;s:1:"-";i:11;s:9:"LMLG_1206";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"LMLG_1206";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:7:"1368382";i:16;s:39:"LMLG_1203;LMLG_1204;LMLG_1205;LMLG_1206";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:18;a:19:{i:0;i:18;i:1;s:11:"NC_017547.1";i:2;s:36:"Listeria monocytogenes Finland 1998 ";i:3;s:10:"Firmicutes";i:4;s:4:"1239";i:5;s:15:"1939998-1940098";i:6;s:1:"-";i:7;s:6:"purine";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"1938023-1939331";i:10;s:1:"-";i:11;s:9:"LMLG_2255";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"LMLG_2255";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:7:"1368424";i:16;s:19:"LMLG_2255;LMLG_2256";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:19;a:19:{i:0;i:19;i:1;s:11:"NC_017547.1";i:2;s:36:"Listeria monocytogenes Finland 1998 ";i:3;s:10:"Firmicutes";i:4;s:4:"1239";i:5;s:15:"2001662-2001784";i:6;s:1:"-";i:7;s:3:"FMN";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"2000860-2001472";i:10;s:1:"-";i:11;s:9:"LMLG_0487";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"LMLG_0487";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"3681843";i:16;s:9:"LMLG_0487";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:20;a:19:{i:0;i:20;i:1;s:11:"NC_017547.1";i:2;s:36:"Listeria monocytogenes Finland 1998 ";i:3;s:10:"Firmicutes";i:4;s:4:"1239";i:5;s:15:"2427963-2428081";i:6;s:1:"-";i:7;s:3:"SAM";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"2426851-2427496";i:10;s:1:"-";i:11;s:9:"LMLG_2153";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"LMLG_2153";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:7:"1368525";i:16;s:29:"LMLG_2155;LMLG_2154;LMLG_2153";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:21;a:19:{i:0;i:21;i:1;s:11:"NC_017547.1";i:2;s:36:"Listeria monocytogenes Finland 1998 ";i:3;s:10:"Firmicutes";i:4;s:4:"1239";i:5;s:15:"2704100-2704266";i:6;s:1:"-";i:7;s:4:"ykoK";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"2701244-2703815";i:10;s:1:"-";i:11;s:9:"LMLG_1312";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"LMLG_1312";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:7:"1368587";i:16;s:29:"LMLG_1310;LMLG_1311;LMLG_1312";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}}