About
Search
Advanced Search
Genomes
Predict
About us
S.No.
Riboswitch Location and Strand
Riboswitch class
Downstream gene location and Strand
Downstream gene name/gene product description
Locus_tag of downstream gene
Single gene/within operon (According to DOOR database)
Operon details (List of genes within operon and their Locus_tag)
Predicted Structure
1
1410651-1410726
(+)
sam-alpha
1410905-1411262 (+)
IALB_1239
IALB_1239
Operon
DOOR ID:
1257093
IALB_1239,
IALB_1240
View Structure
2
1410767-1410840
(+)
sam-alpha
1410905-1411262 (+)
IALB_1239
IALB_1239
Operon
DOOR ID:
1257093
IALB_1239,
IALB_1240
View Structure
3
1535781-1535859
(-)
glutamine
1534739-1535558 (+)
phhA
Phenylalanine-4-hydroxylase
IALB_1335
Single gene
DOOR ID:
3632883
IALB_1335
(phhA)
View Structure
4
1992222-1992332
(-)
TPP
1989697-1992163 (-)
IALB_1750
TonB-dependent receptor plug
IALB_1750
Operon
DOOR ID:
1257190
IALB_1748,
IALB_1749,
IALB_1750
View Structure
5
2620284-2620491
(+)
cobalamin
2620630-2622568 (+)
IALB_2300
Iron complex outermembrane recepter protein
IALB_2300
Operon
DOOR ID:
1257312
IALB_2300,
IALB_2301,
IALB_2302,
IALB_2303
View Structure
6
3208457-3208723
(-)
MOCO
3208021-3208339 (-)
IALB_2812
Gamma-carboxymuconolactone decarboxylase-like protein
IALB_2812
Operon
DOOR ID:
1257420
IALB_2805
(mobA)
,
IALB_2806
(moeA)
,
IALB_2807,
IALB_2808
(moaC)
,
IALB_2809
(moaA)
,
IALB_2810,
IALB_2811
(chrA)
,
IALB_2812
View Structure
7
3645402-3645516
(-)
SAM
3641044-3645238 (-)
metH
5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase
IALB_3192
Single gene
DOOR ID:
3633311
IALB_3192
(metH)
View Structure
Genome:
Ignavibacterium album JCM 16511
(
NC_017464.1
);
Phylum:
Bacteroidetes/Chlorobi group
a:8:{i:0;a:18:{i:0;s:5:"S.No.";i:1;s:9:"Genome_ID";i:2;s:11:"Genome_Name";i:3;s:13:"Taxonomy_name";i:4;s:6:"Tax_ID";i:5;s:19:"Riboswitch_Location";i:6;s:17:"Riboswitch_strand";i:7;s:16:"Riboswitch_class";i:8;s:14:"Tandem_Aptamer";i:9;s:24:"Downstream_gene_location";i:10;s:11:"Gene_Strand";i:11;s:20:"Downstream_gene_name";i:12;s:24:"Gene_product_description";i:13;s:9:"Locus_tag";i:14;s:25:"Single_gene/within_operon";i:15;s:9:"Operon_ID";i:16;s:14:"Operon_details";i:17;s:22:"Biological_process[GO]";}i:1;a:19:{i:0;i:1;i:1;s:11:"NC_017464.1";i:2;s:32:"Ignavibacterium album JCM 16511 ";i:3;s:28:"Bacteroidetes/Chlorobi group";i:4;s:5:"68336";i:5;s:15:"1410651-1410726";i:6;s:1:"+";i:7;s:9:"sam-alpha";i:8;s:6:"Tandem";i:9;s:15:"1410905-1411262";i:10;s:1:"+";i:11;s:9:"IALB_1239";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"IALB_1239";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:7:"1257093";i:16;s:19:"IALB_1239;IALB_1240";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:2;a:19:{i:0;i:2;i:1;s:11:"NC_017464.1";i:2;s:32:"Ignavibacterium album JCM 16511 ";i:3;s:28:"Bacteroidetes/Chlorobi group";i:4;s:5:"68336";i:5;s:15:"1410767-1410840";i:6;s:1:"+";i:7;s:9:"sam-alpha";i:8;s:6:"Tandem";i:9;s:15:"1410905-1411262";i:10;s:1:"+";i:11;s:9:"IALB_1239";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"IALB_1239";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:7:"1257093";i:16;s:19:"IALB_1239;IALB_1240";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:3;a:19:{i:0;i:3;i:1;s:11:"NC_017464.1";i:2;s:32:"Ignavibacterium album JCM 16511 ";i:3;s:28:"Bacteroidetes/Chlorobi group";i:4;s:5:"68336";i:5;s:15:"1535781-1535859";i:6;s:1:"-";i:7;s:9:"glutamine";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"1534739-1535558";i:10;s:1:"+";i:11;s:4:"phhA";i:12;s:27:"Phenylalanine-4-hydroxylase";i:13;s:9:"IALB_1335";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"3632883";i:16;s:15:"IALB_1335(phhA)";i:17;s:57:"aromatic amino acid family metabolic process [GO:0009072]";i:18;s:15:"View Structure ";}i:4;a:19:{i:0;i:4;i:1;s:11:"NC_017464.1";i:2;s:32:"Ignavibacterium album JCM 16511 ";i:3;s:28:"Bacteroidetes/Chlorobi group";i:4;s:5:"68336";i:5;s:15:"1992222-1992332";i:6;s:1:"-";i:7;s:3:"TPP";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"1989697-1992163";i:10;s:1:"-";i:11;s:9:"IALB_1750";i:12;s:28:"TonB-dependent receptor plug";i:13;s:9:"IALB_1750";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:7:"1257190";i:16;s:29:"IALB_1748;IALB_1749;IALB_1750";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:5;a:19:{i:0;i:5;i:1;s:11:"NC_017464.1";i:2;s:32:"Ignavibacterium album JCM 16511 ";i:3;s:28:"Bacteroidetes/Chlorobi group";i:4;s:5:"68336";i:5;s:15:"2620284-2620491";i:6;s:1:"+";i:7;s:9:"cobalamin";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"2620630-2622568";i:10;s:1:"+";i:11;s:9:"IALB_2300";i:12;s:43:"Iron complex outermembrane recepter protein";i:13;s:9:"IALB_2300";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:7:"1257312";i:16;s:39:"IALB_2300;IALB_2301;IALB_2302;IALB_2303";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:6;a:19:{i:0;i:6;i:1;s:11:"NC_017464.1";i:2;s:32:"Ignavibacterium album JCM 16511 ";i:3;s:28:"Bacteroidetes/Chlorobi group";i:4;s:5:"68336";i:5;s:15:"3208457-3208723";i:6;s:1:"-";i:7;s:4:"MOCO";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"3208021-3208339";i:10;s:1:"-";i:11;s:9:"IALB_2812";i:12;s:53:"Gamma-carboxymuconolactone decarboxylase-like protein";i:13;s:9:"IALB_2812";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:7:"1257420";i:16;s:109:"IALB_2805(mobA);IALB_2806(moeA);IALB_2807;IALB_2808(moaC);IALB_2809(moaA);IALB_2810;IALB_2811(chrA);IALB_2812";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:7;a:19:{i:0;i:7;i:1;s:11:"NC_017464.1";i:2;s:32:"Ignavibacterium album JCM 16511 ";i:3;s:28:"Bacteroidetes/Chlorobi group";i:4;s:5:"68336";i:5;s:15:"3645402-3645516";i:6;s:1:"-";i:7;s:3:"SAM";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"3641044-3645238";i:10;s:1:"-";i:11;s:4:"metH";i:12;s:56:"5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase";i:13;s:9:"IALB_3192";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"3633311";i:16;s:15:"IALB_3192(metH)";i:17;s:60:"pteridine-containing compound metabolic process [GO:0042558]";i:18;s:15:"View Structure ";}}