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S.No.
Riboswitch Location and Strand
Riboswitch class
Downstream gene location and Strand
Downstream gene name/gene product description
Locus_tag of downstream gene
Single gene/within operon (According to DOOR database)
Operon details (List of genes within operon and their Locus_tag)
Predicted Structure
1
199916-200086
(+)
glmS
200175-201978 (+)
glmS
I33_0229
Operon
DOOR ID:
1246203
I33_0229
(glmS)
,
I33_0228
View Structure
2
479927-480070
(+)
ydaO-yuaA
480262-482086 (+)
I33_0495
I33_0495
Single gene
DOOR ID:
3524634
I33_0495
View Structure
3
615232-615331
(-)
purine
614010-615177 (-)
I33_0668
I33_0668
Single gene
DOOR ID:
3524716
I33_0668
View Structure
4
670562-670663
(+)
purine
670798-672121 (+)
I33_0723
I33_0723
Operon
DOOR ID:
1246309
I33_0725,
I33_0724,
I33_0723
View Structure
5
674510-674611
(+)
purine
674752-675241 (+)
purE
I33_0729
Operon
DOOR ID:
1246311
I33_0740
(purD)
,
I33_0739
(purH)
,
I33_0738
(purN)
,
I33_0737
(purM)
,
I33_0736
(purF)
,
I33_0735
(purL)
,
I33_0734
(purQ)
,
I33_0733
(purS)
,
I33_0732
(purC)
,
I33_0731
(purB)
,
I33_0730
(purK)
,
I33_0729
(purE)
View Structure
6
934895-935002
(+)
TPP
935134-936907 (+)
thiC
I33_1003
Single gene
DOOR ID:
3524842
I33_1003
(thiC)
View Structure
7
1215338-1215446
(+)
TPP
1215524-1216235 (+)
I33_1299
I33_1299
Operon
DOOR ID:
1246403
I33_1299,
I33_1300,
I33_1301
(thiO)
,
I33_1302
(thiS)
,
I33_1303
(thiG)
,
I33_1304,
I33_1305
View Structure
8
1231375-1231495
(+)
SAM
1231538-1232684 (+)
metI
I33_1324
Operon
DOOR ID:
1246408
I33_1324
(metI)
,
I33_1325
(metC)
View Structure
9
1353219-1353330
(+)
ykkC-yxkD
1353407-1353746 (+)
I33_1472
I33_1472
Operon
DOOR ID:
1246434
I33_1472,
I33_1473
View Structure
10
1363235-1363390
(-)
SAM
1363103-1363229 (-)
I33_1484
I33_1484
Operon
DOOR ID:
1246437
I33_1483
(metE)
,
I33_1484
View Structure
11
1369238-1369350
(-)
TPP
1368538-1369141 (-)
I33_1491
I33_1491
Operon
DOOR ID:
1246439
I33_1488,
I33_1489,
I33_1490,
I33_1491
View Structure
12
1373113-1373278
(+)
ykoK
1373369-1373492 (+)
I33_1497
I33_1497
Operon
DOOR ID:
1246440
I33_1497,
I33_1498
(mgtE)
View Structure
13
1388120-1388222
(+)
yybP-ykoY
1388328-1389123 (+)
I33_1513
I33_1513
Single gene
DOOR ID:
3525068
I33_1513
View Structure
14
1402030-1402186
(-)
SAM
1400743-1401937 (-)
mtnK
I33_1527
Operon
DOOR ID:
1246447
I33_1526
(mtnA)
,
I33_1527
(mtnK)
View Structure
15
1404379-1404479
(+)
SAM
1404563-1405781 (+)
mtnW
I33_1530
Operon
DOOR ID:
1246448
I33_1530
(mtnW)
,
I33_1531
(mtnX)
,
I33_1532
(mtnB)
,
I33_1533
View Structure
16
1416778-1416822
(+)
PreQ1
1416951-1417611 (+)
I33_1543
I33_1543
Operon
DOOR ID:
1246450
I33_1543,
I33_1544
(queD)
,
I33_1545
(queE)
,
I33_1546
(queF)
View Structure
17
1581843-1581944
(+)
TPP
1581959-1583312 (+)
I33_1721
I33_1721
Operon
DOOR ID:
1246485
I33_1721,
I33_1722
View Structure
18
1604590-1604695
(+)
SAM
1604859-1605561 (+)
I33_1744
I33_1744
Operon
DOOR ID:
1246491
I33_1744,
I33_1745,
I33_1746
(sat)
,
I33_1747
(cysC)
,
I33_1748
(cobA)
,
I33_1749,
I33_1750
View Structure
19
2008485-2008576
(-)
SAM
2007366-2008368 (-)
I33_2079
I33_2079
Operon
DOOR ID:
1246557
I33_2078,
I33_2079
View Structure
20
2165207-2165306
(-)
purine
2164532-2165117 (-)
xpt
I33_2267
Operon
DOOR ID:
1246595
I33_2266,
I33_2267
(xpt)
View Structure
21
2255869-2256003
(-)
FMN
2255142-2255715 (-)
I33_2370
I33_2370
Single gene
DOOR ID:
3525382
I33_2370
View Structure
22
2276797-2276941
(-)
FMN
2275581-2276667 (-)
ribD
I33_2393
Operon
DOOR ID:
1246625
I33_2390
(ribH)
,
I33_2391
(ribA)
,
I33_2392
(ribE)
,
I33_2393
(ribD)
,
I33_2394
View Structure
23
2398169-2398270
(-)
glycine
2396908-2397997 (-)
gcvT
I33_2537
Operon
DOOR ID:
1246657
I33_2535,
I33_2536,
I33_2537
(gcvT)
View Structure
24
2712731-2712910
(-)
lysine
2711378-2712605 (-)
I33_2901
I33_2901
Single gene
DOOR ID:
3525576
I33_2901
View Structure
25
2919969-2920107
(-)
SAM
2918598-2919801 (-)
metK
I33_3112
Single gene
DOOR ID:
3525644
I33_3112
(metK)
View Structure
26
2969875-2969976
(+)
TPP
2970075-2970654 (+)
I33_3183
I33_3183
Single gene
DOOR ID:
3525662
I33_3183
View Structure
27
2978963-2979111
(+)
ydaO-yuaA
2979183-2979852 (+)
I33_3193
I33_3193
Operon
DOOR ID:
1246795
I33_3193,
I33_3194
View Structure
28
3161934-3162040
(-)
SAM
3160802-3161828 (-)
I33_3382
I33_3382
Operon
DOOR ID:
1246834
I33_3380,
I33_3381,
I33_3382,
I33_3383
View Structure
29
3202089-3202228
(-)
cobalamin
3201039-3201984 (-)
I33_3429
I33_3429
Operon
DOOR ID:
1246845
I33_3424,
I33_3425,
I33_3426,
I33_3427,
I33_3428,
I33_3429
View Structure
30
3218770-3218949
(-)
lysine
3217256-3218666 (-)
I33_3451
I33_3451
Single gene
DOOR ID:
3525756
I33_3451
View Structure
31
3790541-3790643
(-)
ykkC-yxkD
3789627-3790464 (-)
I33_4042
I33_4042
Single gene
DOOR ID:
3525993
I33_4042
View Structure
32
3799473-3799579
(+)
SAM
3799661-3800795 (+)
I33_4055
I33_4055
Single gene
DOOR ID:
3526001
I33_4055
View Structure
33
3800864-3800970
(+)
SAM
3801047-3802184 (+)
I33_4056
I33_4056
Single gene
DOOR ID:
3526002
I33_4056
View Structure
34
3807221-3807322
(+)
purine
3807449-3808643 (+)
I33_4063
I33_4063
Single gene
DOOR ID:
3526005
I33_4063
View Structure
35
3974329-3974457
(-)
yybP-ykoY
3973695-3974142 (-)
I33_4232
I33_4232
Operon
DOOR ID:
1246997
I33_4232,
I33_4233
View Structure
Genome:
Bacillus subtilis subsp. subtilis str. RO-NN-1
(
NC_017195.1
);
Phylum:
Firmicutes
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