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S.No.
Riboswitch Location and Strand
Riboswitch class
Downstream gene location and Strand
Downstream gene name/gene product description
Locus_tag of downstream gene
Single gene/within operon (According to DOOR database)
Operon details (List of genes within operon and their Locus_tag)
Predicted Structure
1
707288-707436
(+)
FMN
707539-708193 (+)
EKO11_0677
EKO11_0677
Single gene
DOOR ID:
3425628
EKO11_0677
View Structure
2
1751833-1751929
(+)
TPP
1751963-1752752 (+)
EKO11_1650
EKO11_1650
Operon
DOOR ID:
1226098
EKO11_1653,
EKO11_1652,
EKO11_1651,
EKO11_1650
View Structure
3
2052161-2052262
(-)
yybP-ykoY
2051463-2052084 (-)
EKO11_1951
EKO11_1951
Single gene
DOOR ID:
3426013
EKO11_1951
View Structure
4
3226870-3227014
(-)
MOCO
3225358-3225871 (-)
EKO11_3104
EKO11_3104
Operon
DOOR ID:
1226359
EKO11_3100,
EKO11_3101,
EKO11_3102,
EKO11_3103,
EKO11_3104,
EKO11_3105
View Structure
5
4034617-4034716
(+)
TPP
4034746-4035730 (+)
EKO11_3846
EKO11_3846
Operon
DOOR ID:
1226510
EKO11_3846,
EKO11_3847,
EKO11_3848
View Structure
6
4286981-4287096
(-)
Mg sensor
4284190-4286887 (-)
EKO11_4069
EKO11_4069
Single gene
DOOR ID:
3426728
EKO11_4069
View Structure
7
4381065-4381111
(-)
mini-ykkC
4380199-4380733 (+)
EKO11_4164
EKO11_4164
Operon
DOOR ID:
1226574
EKO11_4159,
EKO11_4160,
EKO11_4161,
EKO11_4162,
EKO11_4163,
EKO11_4164
View Structure
8
4526859-4527055
(+)
lysine
4527146-4528496 (+)
EKO11_4298
EKO11_4298
Single gene
DOOR ID:
3426831
EKO11_4298
View Structure
9
4566238-4566338
(+)
TPP
4566418-4568314 (+)
EKO11_4327
EKO11_4327
Operon
DOOR ID:
1226607
EKO11_4327,
EKO11_4328,
EKO11_4329,
EKO11_4330,
EKO11_4331,
EKO11_4332
View Structure
10
4598022-4598212
(-)
cobalamin
4596112-4597957 (-)
EKO11_4346
EKO11_4346
Operon
DOOR ID:
1226612
EKO11_4345,
EKO11_4346
View Structure
Genome:
Escherichia coli KO11
(
NC_016902.1
);
Phylum:
Gammaproteobacteria
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