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S.No.
Riboswitch Location and Strand
Riboswitch class
Downstream gene location and Strand
Downstream gene name/gene product description
Locus_tag of downstream gene
Single gene/within operon (According to DOOR database)
Operon details (List of genes within operon and their Locus_tag)
Predicted Structure
1
169882-170051
(+)
glmS
170177-171980 (+)
Geoth_0178
Geoth_0178
Single gene
DOOR ID:
3180347
Geoth_0178
View Structure
2
222841-222987
(+)
ydaO-yuaA
223115-224951 (+)
Geoth_0224
Geoth_0224
Single gene
DOOR ID:
3180363
Geoth_0224
View Structure
3
576413-576521
(+)
SAM
576615-577644 (+)
Geoth_0569
Geoth_0569
Operon
DOOR ID:
1196881
Geoth_0569,
Geoth_0570,
Geoth_0571
View Structure
4
784199-784313
(+)
SAM
784476-785688 (+)
Geoth_0812
Geoth_0812
Single gene
DOOR ID:
3180558
Geoth_0812
View Structure
5
941626-941806
(+)
lysine
941916-943143 (+)
Geoth_0966
Geoth_0966
Single gene
DOOR ID:
3180627
Geoth_0966
View Structure
6
1196873-1196961
(+)
glycine
1197117-1198212 (+)
Geoth_1252
Geoth_1252
Operon
DOOR ID:
1197007
Geoth_1252,
Geoth_1253,
Geoth_1254
View Structure
7
1307560-1307694
(+)
FMN
1308018-1309104 (+)
Geoth_1370
Geoth_1370
Operon
DOOR ID:
1197028
Geoth_1370,
Geoth_1371,
Geoth_1372,
Geoth_1373
View Structure
8
1331903-1332119
(+)
cobalamin
1332255-1333212 (+)
Geoth_1398
Geoth_1398
Operon
DOOR ID:
1197034
Geoth_1398,
Geoth_1399,
Geoth_1400,
Geoth_1401,
Geoth_1402,
Geoth_1403,
Geoth_1404,
Geoth_1405,
Geoth_1406,
Geoth_1407,
Geoth_1408
View Structure
9
1583697-1583806
(-)
SAM
1582539-1583553 (-)
Geoth_1662
Geoth_1662
Operon
DOOR ID:
1197078
Geoth_1659,
Geoth_1660,
Geoth_1661,
Geoth_1662
View Structure
10
1612502-1612615
(+)
TPP
1612674-1613484 (+)
Geoth_1689
Geoth_1689
Operon
DOOR ID:
1197084
Geoth_1689,
Geoth_1690,
Geoth_1691
View Structure
11
1618328-1618518
(-)
lysine
1616721-1618194 (-)
Geoth_1695
Geoth_1695
Single gene
DOOR ID:
3180845
Geoth_1695
View Structure
12
1655677-1655778
(+)
purine
1655903-1656491 (+)
Geoth_1728
Geoth_1728
Operon
DOOR ID:
1197091
Geoth_1728,
Geoth_1729
View Structure
13
2037762-2037896
(-)
FMN
2037023-2037605 (-)
Geoth_2114
Geoth_2114
Single gene
DOOR ID:
3181005
Geoth_2114
View Structure
14
2098127-2098319
(-)
cobalamin
2097634-2098003 (-)
Geoth_2184
Geoth_2184
Operon
DOOR ID:
1197166
Geoth_2166,
Geoth_2167,
Geoth_2168,
Geoth_2169,
Geoth_2170,
Geoth_2171,
Geoth_2172,
Geoth_2173,
Geoth_2174,
Geoth_2175,
Geoth_2176,
Geoth_2177,
Geoth_2178,
Geoth_2179,
Geoth_2180,
Geoth_2181,
Geoth_2182,
Geoth_2183,
Geoth_2184
View Structure
15
2314167-2314283
(+)
SAM
2314490-2315567 (+)
Geoth_2381
Geoth_2381
Single gene
DOOR ID:
3181094
Geoth_2381
View Structure
16
2474459-2474564
(-)
SAM
2474057-2474390 (-)
Geoth_2539
Geoth_2539
Operon
DOOR ID:
1197227
Geoth_2538,
Geoth_2539
View Structure
17
2844993-2845037
(-)
PreQ1
2844247-2844916 (-)
Geoth_2919
Geoth_2919
Operon
DOOR ID:
1197296
Geoth_2916,
Geoth_2917,
Geoth_2918,
Geoth_2919
View Structure
18
2868771-2868934
(+)
SAM
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Geoth_2941
Geoth_2941
Operon
DOOR ID:
1197300
Geoth_2941,
Geoth_2942,
Geoth_2943,
Geoth_2944,
Geoth_2945
View Structure
19
2899831-2899892
(-)
fluoride
2899373-2899775 (-)
Geoth_2971
Geoth_2971
Operon
DOOR ID:
1197308
Geoth_2970,
Geoth_2971
View Structure
20
2938872-2938983
(-)
SAM
2937689-2938793 (-)
Geoth_3010
Geoth_3010
Operon
DOOR ID:
1197315
Geoth_3009,
Geoth_3010
View Structure
21
3015859-3015961
(+)
SAM
3016039-3017890 (+)
Geoth_3104
Geoth_3104
Operon
DOOR ID:
1197333
Geoth_3104,
Geoth_3105
View Structure
22
3127689-3127796
(-)
TPP
3126890-3127589 (-)
Geoth_3211
Geoth_3211
Operon
DOOR ID:
1197350
Geoth_3203,
Geoth_3204,
Geoth_3205,
Geoth_3206,
Geoth_3207,
Geoth_3208,
Geoth_3209,
Geoth_3210,
Geoth_3211
View Structure
23
3138472-3138669
(+)
cobalamin
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Geoth_3220
Geoth_3220
Operon
DOOR ID:
1197352
Geoth_3220,
Geoth_3221
View Structure
24
3143283-3143369
(-)
yybP-ykoY
3142866-3143139 (-)
Geoth_3223
Geoth_3223
Operon
DOOR ID:
1197353
Geoth_3222,
Geoth_3223
View Structure
25
3144448-3144551
(-)
ykkC-yxkD
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Geoth_3225
Geoth_3225
Single gene
DOOR ID:
3181403
Geoth_3225
View Structure
26
3310199-3310288
(+)
c-di-GMP-I
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Geoth_3401
Geoth_3401
single gene
DOOR ID:
3181495
Geoth_3401
View Structure
27
3419755-3419869
(-)
TPP
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Geoth_3498
Geoth_3498
Operon
DOOR ID:
1197400
Geoth_3497,
Geoth_3498
View Structure
28
3581491-3581592
(-)
purine
3580886-3581375 (-)
Geoth_3652
Geoth_3652
Operon
DOOR ID:
1197429
Geoth_3641,
Geoth_3642,
Geoth_3643,
Geoth_3644,
Geoth_3645,
Geoth_3646,
Geoth_3647,
Geoth_3648,
Geoth_3649,
Geoth_3650,
Geoth_3651,
Geoth_3652
View Structure
29
3595450-3595551
(-)
purine
3594021-3595347 (-)
Geoth_3661
Geoth_3661
Single gene
DOOR ID:
3181572
Geoth_3661
View Structure
30
3597246-3597347
(-)
purine
3595646-3597185 (-)
Geoth_3662
Geoth_3662
Single gene
DOOR ID:
3181573
Geoth_3662
View Structure
Genome:
Geobacillus thermoglucosidasius C56-YS93
(
NC_015660.1
);
Phylum:
Firmicutes
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