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Riboswitch Location and Strand
Riboswitch class
Downstream gene location and Strand
Downstream gene name/gene product description
Locus_tag of downstream gene
Single gene/within operon (According to DOOR database)
Operon details (List of genes within operon and their Locus_tag)
Predicted Structure
1
296399-296576
(+)
cobalamin
296697-298863 (+)
Selsp_0269
TonB-dependent receptor
Selsp_0269
Operon
DOOR ID:
844068
Selsp_0269,
Selsp_0270,
Selsp_0271
View Structure
2
510546-510650
(+)
TPP
510702-510897 (+)
Selsp_0452
Thiamine biosynthesis protein ThiS
Selsp_0452
Operon
DOOR ID:
844102
Selsp_0452,
Selsp_0453,
Selsp_0454,
Selsp_0455,
Selsp_0456,
Selsp_0457
View Structure
3
544437-544634
(+)
cobalamin
544900-547357 (+)
Selsp_0487
TonB-dependent receptor plug
Selsp_0487
Operon
DOOR ID:
844107
Selsp_0487,
Selsp_0488,
Selsp_0489,
Selsp_0490
View Structure
4
784061-784164
(+)
TPP
784270-785578 (+)
Selsp_0695
Phosphomethylpyrimidine synthase (7) (Hydroxymethylpyrimidine phosphate synthase) (HMP-P synthase) (HMP-phosphate synthase) (HMPP synthase) (Thiamine biosynthesis protein ThiC)
Selsp_0695
Operon
DOOR ID:
844154
Selsp_0695,
Selsp_0696
View Structure
5
816499-816652
(+)
glmS
816718-818548 (+)
Selsp_0724
Glutamine--fructose-6-phosphate aminotransferase [isomerizing] (6) (D-fructose-6-phosphate amidotransferase) (GFAT) (Glucosamine-6-phosphate synthase) (Hexosephosphate aminotransferase) (L-glutamine--D-fructose-6-phosphate amidotransferase)
Selsp_0724
Operon
DOOR ID:
844159
Selsp_0724,
Selsp_0725
View Structure
6
1024086-1024260
(+)
cobalamin
1024492-1026691 (+)
Selsp_0914
Methylmalonyl-CoA mutase; large subunit (Putative methylmalonyl-CoA mutase; small subunit)
Selsp_0914
Operon
DOOR ID:
844189
Selsp_0914,
Selsp_0915,
Selsp_0916,
Selsp_0917,
Selsp_0918,
Selsp_0919,
Selsp_0920,
Selsp_0921,
Selsp_0922,
Selsp_0923,
Selsp_0924,
Selsp_0925,
Selsp_0926,
Selsp_0927,
Selsp_0928,
Selsp_0929,
Selsp_0930,
Selsp_0931,
Selsp_0932
View Structure
7
1257280-1257530
(+)
cobalamin
1257758-1258703 (+)
Selsp_1120
ABC-type transporter; integral membrane subunit
Selsp_1120
Operon
DOOR ID:
844216
Selsp_1120,
Selsp_1121,
Selsp_1122,
Selsp_1123,
Selsp_1124,
Selsp_1125,
Selsp_1126,
Selsp_1127,
Selsp_1128,
Selsp_1129,
Selsp_1130,
Selsp_1131,
Selsp_1132,
Selsp_1133,
Selsp_1134,
Selsp_1135,
Selsp_1136,
Selsp_1137,
Selsp_1138,
Selsp_1139,
Selsp_1140,
Selsp_1141
View Structure
8
1374397-1374576
(-)
cobalamin
1372253-1374230 (-)
Selsp_1213
TonB-dependent receptor plug domain protein
Selsp_1213
Operon
DOOR ID:
844228
Selsp_1199,
Selsp_1200,
Selsp_1201,
Selsp_1202,
Selsp_1203,
Selsp_1204,
Selsp_1205,
Selsp_1206,
Selsp_1207,
Selsp_1208,
Selsp_1209,
Selsp_1210,
Selsp_1211,
Selsp_1212,
Selsp_1213
View Structure
9
1535891-1536068
(-)
cobalamin
1534727-1535711 (-)
Selsp_1382
ABC-type transporter; periplasmic subunit
Selsp_1382
Operon
DOOR ID:
844250
Selsp_1375,
Selsp_1376,
Selsp_1377,
Selsp_1378,
Selsp_1379,
Selsp_1380,
Selsp_1381,
Selsp_1382
View Structure
10
1570396-1570574
(-)
cobalamin
1569019-1570018 (-)
Selsp_1415
Cobalt chelatase (CbiK)
Selsp_1415
Single gene
DOOR ID:
3121298
Selsp_1415
View Structure
11
1579920-1580092
(-)
cobalamin
1578148-1579732 (-)
Selsp_1422
ABC-type transporter; periplasmic subunit
Selsp_1422
Operon
DOOR ID:
844257
Selsp_1418,
Selsp_1419,
Selsp_1420,
Selsp_1421,
Selsp_1422
View Structure
12
1654354-1654498
(-)
FMN
1653063-1654167 (-)
Selsp_1504
Riboflavin biosynthesis protein RibD [Includes: Diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase (DRAP deaminase) (93) (HTP reductase)]
Selsp_1504
Operon
DOOR ID:
844263
Selsp_1497,
Selsp_1498,
Selsp_1499,
Selsp_1500,
Selsp_1501,
Selsp_1502,
Selsp_1503,
Selsp_1504
View Structure
13
1655294-1655463
(-)
ydaO-yuaA
1654624-1655287 (-)
Selsp_1505
NLP/P60 protein
Selsp_1505
Single gene
DOOR ID:
3121299
Selsp_1505
View Structure
14
1788942-1789046
(-)
SAM
1787561-1788749 (-)
Selsp_1619
S-adenosylmethionine synthase (AdoMet synthase) (MAT) (Methionine adenosyltransferase)
Selsp_1619
Operon
DOOR ID:
844289
Selsp_1618,
Selsp_1619
View Structure
15
1945158-1945351
(-)
cobalamin
1943611-1944781 (-)
Selsp_1774
ABC-type transporter; periplasmic subunit (Periplasmic binding protein)
Selsp_1774
Operon
DOOR ID:
844315
Selsp_1772,
Selsp_1773,
Selsp_1774
View Structure
16
2022514-2022681
(-)
cobalamin
2014929-2022219 (-)
Selsp_1832
Outer membrane autotransporter barrel domain protein
Selsp_1832
Operon
DOOR ID:
844322
Selsp_1831,
Selsp_1832
View Structure
17
2024993-2025197
(-)
cobalamin
2022830-2024765 (-)
Selsp_1833
TonB-dependent receptor
Selsp_1833
Single gene
DOOR ID:
3121331
Selsp_1833
View Structure
18
2314123-2314298
(+)
cobalamin
2314331-2316023 (+)
Selsp_2077
Anion transporter
Selsp_2077
Operon
DOOR ID:
844374
Selsp_2077,
Selsp_2078,
Selsp_2079,
Selsp_2080,
Selsp_2081,
Selsp_2082
View Structure
19
2394816-2394989
(-)
cobalamin
2392382-2394620 (-)
Selsp_2147
TonB-dependent receptor
Selsp_2147
Operon
DOOR ID:
844392
Selsp_2141,
Selsp_2142,
Selsp_2143,
Selsp_2144,
Selsp_2145,
Selsp_2146,
Selsp_2147
View Structure
20
2558822-2558898
(+)
ZMP-ZTP
2558961-2560134 (+)
Selsp_2289
AICARFT/IMPCHase bienzyme (Phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase)
Selsp_2289
Single gene
DOOR ID:
3121394
Selsp_2289
View Structure
Genome:
Selenomonas sputigena ATCC 35185
(
NC_015437.1
);
Phylum:
Firmicutes
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