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S.No.
Riboswitch Location and Strand
Riboswitch class
Downstream gene location and Strand
Downstream gene name/gene product description
Locus_tag of downstream gene
Single gene/within operon (According to DOOR database)
Operon details (List of genes within operon and their Locus_tag)
Predicted Structure
1
57932-58110
(+)
cobalamin
58161-60027 (+)
B565_0052
B565_0052
Operon
DOOR ID:
839648
B565_0052,
B565_0053
View Structure
2
284116-284222
(+)
yybP-ykoY
284310-285297 (+)
B565_0258
B565_0258
Single gene
DOOR ID:
3112590
B565_0258
View Structure
3
529813-529899
(-)
c-di-GMP-I
526173-528933 (-)
B565_0474
B565_0474
single gene
DOOR ID:
3112687
B565_0474
View Structure
4
929482-929569
(+)
c-di-GMP-I
929672-932267 (+)
B565_0850
B565_0850
single gene
DOOR ID:
3112893
B565_0850
View Structure
5
933949-934036
(+)
c-di-GMP-I
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B565_0852
B565_0852
operon
DOOR ID:
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B565_0852,
B565_0853
View Structure
6
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(+)
c-di-GMP-I
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B565_0857
B565_0857
single gene
DOOR ID:
3112898
B565_0857
View Structure
7
1331624-1331764
(+)
MOCO
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B565_1205
B565_1205
Operon
DOOR ID:
839851
B565_1205,
B565_1206
View Structure
8
1422988-1423144
(+)
FMN
1423248-1423902 (+)
B565_1299
B565_1299
Single gene
DOOR ID:
3113074
B565_1299
View Structure
9
1764752-1764975
(-)
lysine
1763308-1764661 (-)
B565_1576
B565_1576
Single gene
DOOR ID:
3113221
B565_1576
View Structure
10
2331357-2331435
(+)
c-di-GMP-I
2331641-2332985 (+)
B565_2077
B565_2077
operon
DOOR ID:
840008
B565_2077,
B565_2078,
B565_2079
View Structure
11
2594578-2594749
(-)
lysine
2592908-2594489 (-)
B565_2298
B565_2298
Single gene
DOOR ID:
3113570
B565_2298
View Structure
12
2726591-2726718
(+)
yybP-ykoY
2726811-2727369 (+)
B565_2414
B565_2414
Single gene
DOOR ID:
3113601
B565_2414
View Structure
13
2916251-2916420
(-)
ykoK
2914784-2916128 (-)
B565_2595
B565_2595
Single gene
DOOR ID:
3113677
B565_2595
View Structure
14
3322916-3323031
(-)
glycine
3321431-3322808 (-)
B565_2941
B565_2941
Single gene
DOOR ID:
3113823
B565_2941
View Structure
15
3323037-3323116
(-)
glycine
3321431-3322808 (-)
B565_2941
B565_2941
Single gene
DOOR ID:
3113823
B565_2941
View Structure
16
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(+)
TPP
3803359-3804340 (+)
B565_3381
B565_3381
Operon
DOOR ID:
840246
B565_3381,
B565_3382,
B565_3383
View Structure
17
3993876-3993961
(+)
c-di-GMP-I
3994026-3995448 (+)
B565_3557
B565_3557
single gene
DOOR ID:
3114097
B565_3557
View Structure
18
4076455-4076567
(-)
TPP
4074182-4076174 (-)
B565_3625
B565_3625
Operon
DOOR ID:
840294
B565_3620,
B565_3621,
B565_3622,
B565_3623,
B565_3624,
B565_3625
View Structure
19
4488281-4488366
(+)
c-di-GMP-I
4488416-4490606 (+)
B565_3976
B565_3976
single gene
DOOR ID:
3114288
B565_3976
View Structure
Genome:
Aeromonas veronii B565
(
NC_015424.1
);
Phylum:
Gammaproteobacteria
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