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Genome:
Listeria monocytogenes 08-5578
(
NC_013766.2
);
Phylum:
Firmicutes
S.No.
Riboswitch Location and Strand
Riboswitch class
Downstream gene location and Strand
Downstream gene name/gene product description
Locus_tag of downstream gene
Single gene/within operon (According to DOOR database)
Operon details (List of genes within operon and their Locus_tag)
Predicted Structure
1
175792-175958
(+)
ykoK
176243-178814 (+)
LM5578_0171
LM5578_0171
Operon
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657676
LM5578_0171,
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2
337167-337286
(-)
SAM
336235-337057 (-)
LM5578_0331
LM5578_0331
Operon
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657709
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LM5578_0328,
LM5578_0329,
LM5578_0330,
LM5578_0331
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3
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(+)
TPP
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LM5578_0353
LM5578_0353
Operon
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657714
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LM5578_0355,
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4
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(-)
purine
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LM5578_0601
Single gene
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5
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(-)
SAM
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LM5578_0623
LM5578_0623
Operon
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(metX)
,
LM5578_0623
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6
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(+)
glmS
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LM5578_0806
Single gene
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7
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(-)
lysine
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LM5578_0878
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8
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(+)
SAM
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LM5578_0924
LM5578_0924
Single gene
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9
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(+)
PreQ1
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LM5578_0947
LM5578_0947
Single gene
DOOR ID:
2769528
LM5578_0947
View Structure
10
1057449-1057552
(+)
yybP-ykoY
1057650-1058418 (+)
LM5578_1073
LM5578_1073
Single gene
DOOR ID:
2769563
LM5578_1073
View Structure
11
1204105-1204295
(+)
cobalamin
1204447-1205332 (-)
LM5578_1223
LM5578_1223
Single gene
DOOR ID:
2769612
LM5578_1223
View Structure
12
1222372-1222515
(+)
cobalamin
1222932-1224072 (+)
pduQ
LM5578_1244
Single gene
DOOR ID:
2769613
LM5578_1244
(pduQ)
View Structure
13
1240776-1240953
(+)
cobalamin
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cbiA
LM5578_1264
Operon
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LM5578_1264
(cbiA)
,
LM5578_1265
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,
LM5578_1266
(cbiC)
,
LM5578_1267
(cbiD)
,
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(cbiE)
,
LM5578_1269,
LM5578_1270
(cbiF)
,
LM5578_1271
(cbiG)
,
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(cbiH)
,
LM5578_1273,
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,
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,
LM5578_1277,
LM5578_1278,
LM5578_1279
(cbiQ)
,
LM5578_1280,
LM5578_1281
(cbiP)
,
LM5578_1282
View Structure
14
1441832-1441923
(+)
glycine
1441940-1443095 (+)
LM5578_1487
LM5578_1487
Operon
DOOR ID:
657928
LM5578_1487,
LM5578_1488,
LM5578_1489
View Structure
15
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(-)
TPP
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LM5578_1570
LM5578_1570
Single gene
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2769703
LM5578_1570
View Structure
16
1787014-1787122
(-)
SAM
1785706-1786906 (-)
metK
LM5578_1811
Single gene
DOOR ID:
2769772
LM5578_1811
(metK)
View Structure
17
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(-)
SAM
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LM5578_1828
LM5578_1828
Operon
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LM5578_1825,
LM5578_1826,
LM5578_1827,
LM5578_1828
View Structure
18
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(-)
c-di-GMP-I
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LM5578_1859
LM5578_1859
single gene
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2769790
LM5578_1859
View Structure
19
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(-)
purine
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LM5578_2086
LM5578_2086
Operon
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LM5578_2085,
LM5578_2086
View Structure
20
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(-)
FMN
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LM5578_2146
LM5578_2146
Single gene
DOOR ID:
2769862
LM5578_2146
View Structure
21
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(-)
SAM
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LM5578_2614
LM5578_2614
Operon
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LM5578_2613,
LM5578_2614
View Structure
22
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(-)
SAM
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LM5578_2883
LM5578_2883
Single gene
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LM5578_2883
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