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S.No.
Riboswitch Location and Strand
Riboswitch class
Downstream gene location and Strand
Downstream gene name/gene product description
Locus_tag of downstream gene
Single gene/within operon (According to DOOR database)
Operon details (List of genes within operon and their Locus_tag)
Predicted Structure
1
115120-115225
(+)
TPP
115303-116095 (+)
thiM
JDM1_0113
Operon
DOOR ID:
591989
JDM1_0113
(thiM)
,
JDM1_0114
(thiD)
,
JDM1_0115
(thiE)
,
JDM1_0116
View Structure
2
218000-218093
(-)
TPP
217327-217897 (-)
JDM1_0203
JDM1_0203
Operon
DOOR ID:
592006
JDM1_0201,
JDM1_0202,
JDM1_0203
View Structure
3
462435-462480
(+)
PreQ1
462488-462995 (+)
JDM1_0433
JDM1_0433
Single gene
DOOR ID:
2636396
JDM1_0433
View Structure
4
730337-730488
(+)
glmS
730520-732338 (+)
glmS1
JDM1_0684
Single gene
DOOR ID:
2636470
JDM1_0684
(glmS1)
View Structure
5
892939-893120
(+)
lysine
893263-894715 (+)
lysP
JDM1_0835
Single gene
DOOR ID:
2636554
JDM1_0835
(lysP)
View Structure
6
1177730-1177835
(+)
SMK_box
1179157-1180660 (+)
JDM1_1102
JDM1_1102
Single gene
DOOR ID:
2636651
JDM1_1102
View Structure
7
1295993-1296123
(+)
FMN
1296280-1297348 (+)
JDM1_1198
JDM1_1198
Operon
DOOR ID:
592204
JDM1_1198,
JDM1_1199,
JDM1_1200
(ribA)
,
JDM1_1201
(ribH)
View Structure
8
1685937-1686058
(-)
FMN
1685258-1685813 (-)
JDM1_1587
JDM1_1587
Single gene
DOOR ID:
2636834
JDM1_1587
View Structure
9
1721221-1721286
(-)
fluoride
1719879-1721169 (-)
eno
JDM1_1614
Operon
DOOR ID:
592294
JDM1_1613
(mntA)
,
JDM1_1614
(eno)
View Structure
10
2318675-2318773
(+)
purine
2318832-2320173 (+)
pucK
JDM1_2171
Single gene
DOOR ID:
2637077
JDM1_2171
(pucK)
View Structure
11
2427638-2427682
(-)
PreQ1
2426636-2427617 (-)
JDM1_2267
JDM1_2267
Operon
DOOR ID:
592421
JDM1_2266,
JDM1_2267
View Structure
12
2882716-2882814
(-)
purine
2880946-2882638 (-)
adeC
JDM1_2672
Single gene
DOOR ID:
2637355
JDM1_2672
(adeC)
View Structure
Genome:
Lactobacillus plantarum JDM1
(
NC_012984.1
);
Phylum:
Firmicutes
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