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S.No.
Riboswitch Location and Strand
Riboswitch class
Downstream gene location and Strand
Downstream gene name/gene product description
Locus_tag of downstream gene
Single gene/within operon (According to DOOR database)
Operon details (List of genes within operon and their Locus_tag)
Predicted Structure
1
77943-78042
(-)
TPP
76928-77912 (-)
tbpA
LF82_2229
Operon
DOOR ID:
527532
LF82_2257
(thiQ)
,
LF82_2256
(thiP)
,
LF82_2229
(tbpA)
View Structure
2
770446-770590
(+)
MOCO
771588-772101 (+)
moaB
LF82_1366
Operon
DOOR ID:
527665
LF82_1365
(moaA)
,
LF82_1366
(moaB)
,
LF82_1367
(moac)
,
LF82_1368
(moad)
,
LF82_1369
(moae)
View Structure
3
1869422-1869523
(+)
yybP-ykoY
1869653-1870220 (+)
yebN
LF82_2928
Single gene
DOOR ID:
2504527
LF82_2928
(yebN)
View Structure
4
2084103-2084278
(-)
cobalamin
2083447-2083885 (-)
LF82_328
LF82_328
Single gene
DOOR ID:
2504588
LF82_328
View Structure
5
2204004-2204100
(-)
TPP
2203180-2203969 (-)
thiM
LF82_2255
Operon
DOOR ID:
527922
LF82_2986
(yegW)
,
LF82_2987
(yegX)
,
LF82_2247
(thiD)
,
LF82_2255
(thiM)
View Structure
6
3242278-3242426
(-)
FMN
3241520-3242174 (-)
ribB
LF82_1878
Single gene
DOOR ID:
2504870
LF82_1878
(ribB)
View Structure
7
4240695-4240885
(+)
cobalamin
4240949-4242794 (+)
btuB
LF82_0248
Operon
DOOR ID:
528316
LF82_0248
(btuB)
,
LF82_1422
(muri)
View Structure
8
4272197-4272297
(-)
TPP
4270220-4272116 (-)
thiC
LF82_2246
Operon
DOOR ID:
528321
LF82_2251
(thiH)
,
LF82_2250
(thiG)
,
LF82_2258
(thiS)
,
LF82_2249
(thiF)
,
LF82_2248
(thiE)
,
LF82_2246
(thiC)
View Structure
9
4313806-4314002
(-)
lysine
4312364-4313714 (-)
lysC
LF82_1239
Single gene
DOOR ID:
2505165
LF82_1239
(lysC)
View Structure
10
4516873-4516919
(+)
mini-ykkC
4516936-4517254 (+)
sugE
LF82_2206
Single gene
DOOR ID:
2505227
LF82_2206
(sugE)
View Structure
11
4615832-4615947
(+)
Mg sensor
4616040-4618737 (+)
mgtA
LF82_1343
Single gene
DOOR ID:
2505266
LF82_1343
(mgtA)
View Structure
Genome:
Escherichia coli LF82
(
NC_011993.1
);
Phylum:
Gammaproteobacteria
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