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S.No.
Riboswitch Location and Strand
Riboswitch class
Downstream gene location and Strand
Downstream gene name/gene product description
Locus_tag of downstream gene
Single gene/within operon (According to DOOR database)
Operon details (List of genes within operon and their Locus_tag)
Predicted Structure
1
337729-337892
(-)
yybP-ykoY
337133-337718 (-)
XOO_0309
XOO_0309
Single gene
DOOR ID:
1745378
XOO_0309
View Structure
2
945361-945458
(+)
TPP
945549-947427 (+)
XOO_0867
XOO_0867
Single gene
DOOR ID:
1745643
XOO_0867
View Structure
3
1344640-1344865
(+)
cobalamin
1344981-1346859 (+)
XOO_1235
XOO_1235
Single gene
DOOR ID:
1745820
XOO_1235
View Structure
4
1890531-1890650
(+)
SAM
1890720-1891752 (+)
XOO_1716
XOO_1716
Operon
DOOR ID:
166571
XOO_1716,
XOO_1717
View Structure
5
2662419-2662495
(+)
fluoride
2662581-2663913 (+)
XOO_2397
XOO_2397
Operon
DOOR ID:
166701
XOO_2397,
XOO_2398,
XOO_2399,
XOO_2400
View Structure
6
3816465-3816579
(+)
glycine
3816678-3819633 (+)
XOO_3351
XOO_3351
Single gene
DOOR ID:
1746761
XOO_3351
View Structure
7
4048903-4049018
(+)
SAH
4049050-4050493 (+)
XOO_3579
XOO_3579
Single gene
DOOR ID:
1746835
XOO_3579
View Structure
8
4110570-4110745
(-)
FMN
4109799-4110402 (-)
XOO_3633
XOO_3633
Operon
DOOR ID:
166955
XOO_3632,
XOO_3633
View Structure
Genome:
Xanthomonas oryzae pv. oryzae MAFF 311018
(
NC_007705.1
);
Phylum:
Gammaproteobacteria
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