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Riboswitch Location and Strand
Riboswitch class
Downstream gene location and Strand
Downstream gene name/gene product description
Locus_tag of downstream gene
Single gene/within operon (According to DOOR database)
Operon details (List of genes within operon and their Locus_tag)
Predicted Structure
1
163176-163331
(+)
glmS
163522-165325 (+)
BC0190
BC0190
Operon
DOOR ID:
82371
BC0189,
BC0190
View Structure
2
174176-174290
(-)
SAM
173276-174089 (-)
BC0198
BC0198
Operon
DOOR ID:
82372
BC0196,
BC0197,
BC0198
View Structure
3
183064-183169
(+)
SAM
183305-184223 (+)
BC0207
BC0207
Operon
DOOR ID:
82374
BC0207,
BC0208,
BC0209,
BC0210,
BC0211
View Structure
4
194518-194622
(-)
SAM
192744-194385 (-)
BC0216
BC0216
Single gene
DOOR ID:
1563580
BC0216
View Structure
5
259601-259702
(+)
purine
259857-261405 (+)
guaA
BC0296
Single gene
DOOR ID:
1563612
BC0296
(guaA)
View Structure
6
261558-261659
(+)
purine
261789-263115 (+)
BC0297
BC0297
Single gene
DOOR ID:
1563613
BC0297
View Structure
7
298774-298875
(+)
purine
298985-299471 (+)
BC0323
BC0323
Operon
DOOR ID:
82389
BC0323,
BC0324,
BC0325,
BC0326,
BC0327,
BC0328,
BC0329,
BC0330,
BC0331,
BC0332
(purN)
,
BC0333
(purH)
View Structure
8
324058-324164
(+)
SAM
324287-325307 (+)
BC0346
BC0346
Operon
DOOR ID:
82392
BC0346,
BC0347,
BC0348
View Structure
9
343746-343847
(-)
purine
342346-343543 (-)
BC0363
BC0363
Single gene
DOOR ID:
1563634
BC0363
View Structure
10
374878-374990
(-)
SAM
374159-374792 (-)
BC0395
BC0395
Single gene
DOOR ID:
1563651
BC0395
View Structure
11
404775-404887
(+)
TPP
404959-405769 (+)
BC0419
BC0419
Operon
DOOR ID:
82404
BC0419,
BC0420
(thiE)
View Structure
12
408156-408240
(+)
c-di-GMP-I
408374-410117 (+)
BC0422
BC0422
single gene
DOOR ID:
1563668
BC0422
View Structure
13
413885-413986
(+)
TPP
414087-414408 (+)
BC0424
BC0424
Operon
DOOR ID:
82405
BC0424,
BC0425,
BC0426,
BC0427
View Structure
14
729116-729227
(+)
TPP
729476-730172 (+)
BC0742
BC0742
Operon
DOOR ID:
82452
BC0742,
BC0743,
BC0744,
BC0745,
BC0746,
BC0747,
BC0748,
BC0749
(thiG)
,
BC0750,
BC0751
View Structure
15
729288-729391
(+)
TPP
729476-730172 (+)
BC0742
BC0742
Operon
DOOR ID:
82452
BC0742,
BC0743,
BC0744,
BC0745,
BC0746,
BC0747,
BC0748,
BC0749
(thiG)
,
BC0750,
BC0751
View Structure
16
737291-737438
(+)
ydaO-yuaA
737847-738165 (+)
BC0752
BC0752
Single gene
DOOR ID:
1563814
BC0752
View Structure
17
738426-738571
(+)
ydaO-yuaA
738868-740536 (+)
BC0753
BC0753
Operon
DOOR ID:
82453
BC0753,
BC0754,
BC0755,
BC0756
View Structure
18
755142-755247
(-)
SAM
753940-755053 (-)
BC0768
BC0768
Operon
DOOR ID:
82455
BC0766,
BC0767,
BC0768
View Structure
19
842363-842544
(-)
lysine
840790-842215 (-)
BC0865
BC0865
Operon
DOOR ID:
82479
BC0864,
BC0865
View Structure
20
1036786-1036878
(+)
c-di-GMP-I
1036937-1044272 (+)
BC1060
BC1060
single gene
DOOR ID:
1563972
BC1060
View Structure
21
1288845-1289019
(-)
yybP-ykoY
1287967-1288768 (-)
BC1309
BC1309
Single gene
DOOR ID:
1564091
BC1309
View Structure
22
1318959-1319002
(+)
PreQ1
1319095-1319758 (+)
BC1341
BC1341
Operon
DOOR ID:
82562
BC1341,
BC1342,
BC1343,
BC1344
View Structure
23
1380246-1380427
(+)
lysine
1380607-1381924 (+)
BC1419
BC1419
Single gene
DOOR ID:
1564144
BC1419
View Structure
24
1382040-1382148
(+)
SAM
1382221-1382365 (+)
BC1420
BC1420
Single gene
DOOR ID:
1564145
BC1420
View Structure
25
1394801-1394906
(+)
SAM
1395000-1396317 (+)
BC1434
BC1434
Single gene
DOOR ID:
1564151
BC1434
View Structure
26
1439581-1439720
(+)
FMN
1439903-1440461 (+)
BC1482
BC1482
Single gene
DOOR ID:
1564178
BC1482
View Structure
27
1515239-1515340
(+)
purine
1515448-1516042 (+)
BC1569
BC1569
Operon
DOOR ID:
82602
BC1569,
BC1570
View Structure
28
1527913-1528076
(+)
ykoK
1528413-1529139 (+)
BC1581
BC1581
Single gene
DOOR ID:
1564214
BC1581
View Structure
29
1559911-1559955
(+)
PreQ1
1559961-1560447 (+)
BC1599
BC1599
Single gene
DOOR ID:
1564221
BC1599
View Structure
30
1698835-1699021
(-)
lysine
1697402-1698632 (-)
BC1748
BC1748
Single gene
DOOR ID:
1564282
BC1748
View Structure
31
1762532-1762678
(+)
ydaO-yuaA
1762822-1764649 (+)
BC1807
BC1807
Single gene
DOOR ID:
1564316
BC1807
View Structure
32
2266331-2266451
(-)
glycine
2264856-2266224 (-)
BC2317
BC2317
Single gene
DOOR ID:
1564566
BC2317
View Structure
33
2525752-2525857
(+)
TPP
2525984-2526674 (+)
BC2551
BC2551
Single gene
DOOR ID:
1564705
BC2551
View Structure
34
2587953-2588068
(+)
SAM
2588208-2588472 (+)
BC2624
BC2624
Single gene
DOOR ID:
1564742
BC2624
View Structure
35
3009682-3009874
(+)
lysine
3009977-3011453 (+)
BC3052
BC3052
Operon
DOOR ID:
82844
BC3052,
BC3053,
BC3054
View Structure
36
3147099-3147200
(-)
SAM
3145804-3147010 (-)
BC3176
BC3176
Single gene
DOOR ID:
1565038
BC3176
View Structure
37
3306594-3306736
(+)
ydaO-yuaA
3307049-3309563 (-)
BC3345
BC3345
Operon
DOOR ID:
82889
BC3345,
BC3346
View Structure
38
3766153-3766254
(-)
purine
3765194-3765920 (-)
BC3792
BC3792
Single gene
DOOR ID:
1565389
BC3792
View Structure
39
3977076-3977264
(+)
cobalamin
3977391-3979680 (+)
BC4003
BC4003
Single gene
DOOR ID:
1565462
BC4003
View Structure
40
4007843-4007983
(-)
SAM
4006570-4007752 (-)
mtnK
BC4033
Operon
DOOR ID:
83012
BC4032
(mtnA)
,
BC4033
(mtnK)
View Structure
41
4010176-4010281
(+)
SAM
4010345-4011590 (+)
mtnW
BC4036
Operon
DOOR ID:
83013
BC4036
(mtnW)
,
BC4037
(mtnX)
,
BC4038
(mtnB)
,
BC4039
View Structure
42
4072882-4073025
(+)
FMN
4073303-4074443 (+)
BC4109
BC4109
Operon
DOOR ID:
83023
BC4109,
BC4110,
BC4111,
BC4112
(ribH)
View Structure
43
4103590-4103757
(+)
ykoK
4104067-4106794 (+)
BC4140
BC4140
Operon
DOOR ID:
83027
BC4140,
BC4141
View Structure
44
4199401-4199510
(-)
SAM
4197497-4199330 (-)
BC4251
BC4251
Operon
DOOR ID:
83049
BC4249
(murG)
,
BC4250,
BC4251
View Structure
45
4199714-4199824
(+)
SAM
4199918-4201031 (+)
BC4253
BC4253
Operon
DOOR ID:
83050
BC4253,
BC4254
View Structure
46
4695689-4695810
(-)
SAM
4694319-4695519 (-)
BC4761
BC4761
Single gene
DOOR ID:
1565784
BC4761
View Structure
47
4732664-4732765
(+)
TPP
4732851-4733520 (+)
BC4808
BC4808
Single gene
DOOR ID:
1565811
BC4808
View Structure
48
4894601-4894708
(-)
SAM
4893264-4894290 (-)
BC4987
BC4987
Operon
DOOR ID:
83200
BC4984,
BC4985,
BC4986,
BC4987
View Structure
49
4975681-4975742
(+)
fluoride
4975766-4976201 (+)
ccrB
BC5067
Operon
DOOR ID:
83220
BC5067
(ccrB)
,
BC5068
(ccrB)
View Structure
50
5132076-5132191
(-)
TPP
5130202-5131963 (-)
BC5227
BC5227
Single gene
DOOR ID:
1565968
BC5227
View Structure
51
5321832-5321936
(-)
SAM
5320440-5321706 (-)
BC5406
BC5406
Operon
DOOR ID:
83284
BC5405,
BC5406
View Structure
Genome:
Bacillus cereus ATCC 14579
(
NC_004722.1
);
Phylum:
Firmicutes
a:52:{i:0;a:18:{i:0;s:5:"S.No.";i:1;s:9:"Genome_ID";i:2;s:11:"Genome_Name";i:3;s:13:"Taxonomy_name";i:4;s:6:"Tax_ID";i:5;s:19:"Riboswitch_Location";i:6;s:17:"Riboswitch_strand";i:7;s:16:"Riboswitch_class";i:8;s:14:"Tandem_Aptamer";i:9;s:24:"Downstream_gene_location";i:10;s:11:"Gene_Strand";i:11;s:20:"Downstream_gene_name";i:12;s:24:"Gene_product_description";i:13;s:9:"Locus_tag";i:14;s:25:"Single_gene/within_operon";i:15;s:9:"Operon_ID";i:16;s:14:"Operon_details";i:17;s:22:"Biological_process[GO]";}i:1;a:19:{i:0;i:1;i:1;s:11:"NC_004722.1";i:2;s:27:"Bacillus cereus ATCC 14579 ";i:3;s:10:"Firmicutes";i:4;s:4:"1239";i:5;s:13:"163176-163331";i:6;s:1:"+";i:7;s:4:"glmS";i:8;s:0:"";i:9;s:13:"163522-165325";i:10;s:1:"+";i:11;s:6:"BC0190";i:12;s:0:"";i:13;s:6:"BC0190";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:5:"82371";i:16;s:13:"BC0189;BC0190";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:2;a:19:{i:0;i:2;i:1;s:11:"NC_004722.1";i:2;s:27:"Bacillus cereus ATCC 14579 ";i:3;s:10:"Firmicutes";i:4;s:4:"1239";i:5;s:13:"174176-174290";i:6;s:1:"-";i:7;s:3:"SAM";i:8;s:0:"";i:9;s:13:"173276-174089";i:10;s:1:"-";i:11;s:6:"BC0198";i:12;s:0:"";i:13;s:6:"BC0198";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:5:"82372";i:16;s:20:"BC0196;BC0197;BC0198";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:3;a:19:{i:0;i:3;i:1;s:11:"NC_004722.1";i:2;s:27:"Bacillus cereus ATCC 14579 ";i:3;s:10:"Firmicutes";i:4;s:4:"1239";i:5;s:13:"183064-183169";i:6;s:1:"+";i:7;s:3:"SAM";i:8;s:0:"";i:9;s:13:"183305-184223";i:10;s:1:"+";i:11;s:6:"BC0207";i:12;s:0:"";i:13;s:6:"BC0207";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:5:"82374";i:16;s:34:"BC0207;BC0208;BC0209;BC0210;BC0211";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:4;a:19:{i:0;i:4;i:1;s:11:"NC_004722.1";i:2;s:27:"Bacillus cereus ATCC 14579 ";i:3;s:10:"Firmicutes";i:4;s:4:"1239";i:5;s:13:"194518-194622";i:6;s:1:"-";i:7;s:3:"SAM";i:8;s:0:"";i:9;s:13:"192744-194385";i:10;s:1:"-";i:11;s:6:"BC0216";i:12;s:0:"";i:13;s:6:"BC0216";i:14;s:11:"Single 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