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S.No.
Riboswitch Location and Strand
Riboswitch class
Downstream gene location and Strand
Downstream gene name/gene product description
Locus_tag of downstream gene
Single gene/within operon (According to DOOR database)
Operon details (List of genes within operon and their Locus_tag)
Predicted Structure
1
293075-293134
(+)
fluoride
293244-293634 (+)
F11_01190
F11_01190
Operon
DOOR ID:
1270660
F11_01195,
F11_01190
View Structure
2
336937-336985
(+)
mini-ykkC
337009-337321 (+)
F11_01375
F11_01375
Single gene
DOOR ID:
3708611
F11_01375
View Structure
3
347596-347706
(-)
yybP-ykoY
346929-347511 (-)
F11_01425
F11_01425
Single gene
DOOR ID:
3708618
F11_01425
View Structure
4
537266-537472
(+)
cobalamin
537510-538188 (+)
F11_02350
F11_02350
Single gene
DOOR ID:
3708705
F11_02350
View Structure
5
572902-573134
(+)
cobalamin
573319-575266 (+)
F11_02505
F11_02505
Operon
DOOR ID:
1270707
F11_02515,
F11_02510,
F11_02505
View Structure
6
1340533-1340749
(+)
cobalamin
1340987-1342007 (+)
F11_05860
F11_05860
Operon
DOOR ID:
1270852
F11_05860,
F11_05865,
F11_05870,
F11_05875
View Structure
7
1501675-1501900
(-)
cobalamin
1499516-1501538 (-)
F11_06595
F11_06595
Operon
DOOR ID:
1270880
F11_06585,
F11_06590,
F11_06595
View Structure
8
1707586-1707782
(+)
cobalamin
1707875-1709765 (+)
F11_07460
F11_07460
Operon
DOOR ID:
1270919
F11_07460,
F11_07465
(nrdF)
View Structure
9
2009119-2009340
(+)
cobalamin
2009484-2011794 (+)
F11_08845
F11_08845
Operon
DOOR ID:
1270977
F11_08845,
F11_08850
View Structure
10
2319857-2319989
(+)
TPP
2320062-2321928 (+)
F11_10320
F11_10320
Operon
DOOR ID:
1271038
F11_10320,
F11_10325
View Structure
11
2551172-2551329
(+)
FMN
2551476-2552121 (+)
F11_11310
F11_11310
Single gene
DOOR ID:
3709417
F11_11310
View Structure
12
3492817-3492924
(+)
ykkC-yxkD
3492970-3493843 (+)
F11_15545
F11_15545
Single gene
DOOR ID:
3709790
F11_15545
View Structure
13
3515291-3515396
(-)
glycine
3514106-3515222 (-)
F11_15630
F11_15630
Single gene
DOOR ID:
3709801
F11_15630
View Structure
14
3515401-3515512
(-)
glycine
3514106-3515222 (-)
F11_15630
F11_15630
Single gene
DOOR ID:
3709801
F11_15630
View Structure
15
3707042-3707118
(-)
sam-alpha
3705743-3706868 (-)
F11_16460
F11_16460
Single gene
DOOR ID:
3709865
F11_16460
View Structure
Genome:
Rhodospirillum rubrum F11
(
NC_017584.1
);
Phylum:
Alphaproteobacteria
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