RiboswitchDB

Genome: Krokinobacter sp. 4H-3-7-5 (NC_015496.1); Phylum: Bacteroidetes/Chlorobi group

S.No.

Riboswitch Location and Strand

Riboswitch class

Downstream gene location and Strand

Downstream gene name/gene product description

Locus_tag of downstream gene

Single gene/within operon (According to DOOR database)

Operon details (List of genes within operon and their Locus_tag)

Predicted Structure

1

851309-851430 (-)

SAM

849836-851129 (-)

Krodi_0754

O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase (7)

Operon

DOOR ID: 846231

Krodi_0748,
Krodi_0749,
Krodi_0750,
Krodi_0751,
Krodi_0752,
Krodi_0753,
Krodi_0754

2

1513075-1513167 (-)

TPP

1510737-1512894 (-)

Krodi_1347

TonB-dependent receptor

Single gene

DOOR ID: 3124858

Krodi_1347

3

2495120-2495326 (+)

cobalamin

2495358-2497215 (+)

Krodi_2210

TonB-dependent receptor

Operon

DOOR ID: 846552

Krodi_2210,
Krodi_2211

4

2987648-2987742 (-)

TPP

2987350-2987554 (-)

Krodi_2655

Thiamine biosynthesis protein ThiS

Single gene

DOOR ID: 3125315

Krodi_2655

a:5:{i:0;a:18:{i:0;s:5:"S.No.";i:1;s:9:"Genome_ID";i:2;s:11:"Genome_Name";i:3;s:13:"Taxonomy_name";i:4;s:6:"Tax_ID";i:5;s:19:"Riboswitch_Location";i:6;s:17:"Riboswitch_strand";i:7;s:16:"Riboswitch_class";i:8;s:14:"Tandem_Aptamer";i:9;s:24:"Downstream_gene_location";i:10;s:11:"Gene_Strand";i:11;s:20:"Downstream_gene_name";i:12;s:24:"Gene_product_description";i:13;s:9:"Locus_tag";i:14;s:25:"Single_gene/within_operon";i:15;s:9:"Operon_ID";i:16;s:14:"Operon_details";i:17;s:22:"Biological_process[GO]";}i:1;a:19:{i:0;i:1;i:1;s:11:"NC_015496.1";i:2;s:27:"Krokinobacter sp. 4H-3-7-5 ";i:3;s:28:"Bacteroidetes/Chlorobi group";i:4;s:5:"68336";i:5;s:13:"851309-851430";i:6;s:1:"-";i:7;s:3:"SAM";i:8;s:0:"";i:9;s:13:"849836-851129";i:10;s:1:"-";i:11;s:10:"Krodi_0754";i:12;s:51:"O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase (7)";i:13;s:10:"Krodi_0754";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:6:"846231";i:16;s:76:"Krodi_0748;Krodi_0749;Krodi_0750;Krodi_0751;Krodi_0752;Krodi_0753;Krodi_0754";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure
";}i:2;a:19:{i:0;i:2;i:1;s:11:"NC_015496.1";i:2;s:27:"Krokinobacter sp. 4H-3-7-5 ";i:3;s:28:"Bacteroidetes/Chlorobi group";i:4;s:5:"68336";i:5;s:15:"1513075-1513167";i:6;s:1:"-";i:7;s:3:"TPP";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"1510737-1512894";i:10;s:1:"-";i:11;s:10:"Krodi_1347";i:12;s:23:"TonB-dependent receptor";i:13;s:10:"Krodi_1347";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"3124858";i:16;s:10:"Krodi_1347";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure
";}i:3;a:19:{i:0;i:3;i:1;s:11:"NC_015496.1";i:2;s:27:"Krokinobacter sp. 4H-3-7-5 ";i:3;s:28:"Bacteroidetes/Chlorobi group";i:4;s:5:"68336";i:5;s:15:"2495120-2495326";i:6;s:1:"+";i:7;s:9:"cobalamin";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"2495358-2497215";i:10;s:1:"+";i:11;s:10:"Krodi_2210";i:12;s:23:"TonB-dependent receptor";i:13;s:10:"Krodi_2210";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:6:"846552";i:16;s:21:"Krodi_2210;Krodi_2211";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure
";}i:4;a:19:{i:0;i:4;i:1;s:11:"NC_015496.1";i:2;s:27:"Krokinobacter sp. 4H-3-7-5 ";i:3;s:28:"Bacteroidetes/Chlorobi group";i:4;s:5:"68336";i:5;s:15:"2987648-2987742";i:6;s:1:"-";i:7;s:3:"TPP";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"2987350-2987554";i:10;s:1:"-";i:11;s:10:"Krodi_2655";i:12;s:34:"Thiamine biosynthesis protein ThiS";i:13;s:10:"Krodi_2655";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"3125315";i:16;s:10:"Krodi_2655";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure
";}}