About
Search
Advanced Search
Genomes
Predict
About us
S.No.
Riboswitch Location and Strand
Riboswitch class
Downstream gene location and Strand
Downstream gene name/gene product description
Locus_tag of downstream gene
Single gene/within operon (According to DOOR database)
Operon details (List of genes within operon and their Locus_tag)
Predicted Structure
1
550803-550925
(-)
TPP
549488-550724 (-)
thiO
METDI0584
Operon
DOOR ID:
592848
METDI0581
(thiE)
,
METDI0582
(thiG)
,
METDI0583
(thiS)
,
METDI0584
(thiO)
View Structure
2
1183271-1183470
(+)
cobalamin
1183588-1185808 (+)
METDI1298
METDI1298
Operon
DOOR ID:
592966
METDI1298,
METDI1299
View Structure
3
1656468-1656677
(-)
cobalamin
1654160-1656362 (-)
METDI1781
METDI1781
Operon
DOOR ID:
593037
METDI1780,
METDI1781
View Structure
4
1986277-1986477
(-)
cobalamin
1986053-1986236 (-)
METDI2105
METDI2105
Operon
DOOR ID:
593095
METDI2101,
METDI2102
(cobW)
,
METDI2103,
METDI2104,
METDI2105
View Structure
5
2167934-2168038
(+)
TPP
2168112-2170005 (+)
thiC
METDI2276
Single gene
DOOR ID:
2639043
METDI2276
(thiC)
View Structure
6
2479528-2479592
(+)
fluoride
2479683-2479878 (+)
MEDTI5951
MEDTI5951
Single gene
DOOR ID:
2639178
MEDTI5951
View Structure
7
2480033-2480094
(+)
fluoride
2480363-2482007 (+)
METDI2570
METDI2570
Single gene
DOOR ID:
2639179
METDI2570
View Structure
8
2482099-2482159
(+)
fluoride
2482332-2483085 (+)
METDI2572
METDI2572
Single gene
DOOR ID:
2639180
METDI2572
View Structure
9
2483132-2483191
(+)
fluoride
2483347-2483614 (+)
METDI2574
METDI2574
Single gene
DOOR ID:
2639181
METDI2574
View Structure
10
2484386-2484448
(+)
fluoride
2484647-2486183 (+)
METDI2576
METDI2576
Single gene
DOOR ID:
2639183
METDI2576
View Structure
11
2525539-2525601
(+)
fluoride
2525899-2527309 (+)
glnA
METDI2616
Single gene
DOOR ID:
2639202
METDI2616
(glnA)
View Structure
12
2578426-2578486
(-)
fluoride
2577326-2578331 (-)
METDI2672
METDI2672
Operon
DOOR ID:
593197
METDI2670,
METDI2671
(bioD)
,
METDI2672
View Structure
13
2579315-2579375
(-)
fluoride
2578740-2578917 (-)
METDI2673
METDI2673
Single gene
DOOR ID:
2639220
METDI2673
View Structure
14
2579572-2579632
(+)
fluoride
2579886-2580144 (+)
METDI2674
METDI2674
Single gene
DOOR ID:
2639221
METDI2674
View Structure
15
2580264-2580324
(+)
fluoride
2580379-2580688 (+)
METDI2675
METDI2675
Single gene
DOOR ID:
2639222
METDI2675
View Structure
16
3311682-3311882
(-)
cobalamin
3309317-3311561 (-)
METDI3386
METDI3386
Single gene
DOOR ID:
2639593
METDI3386
View Structure
17
4379542-4379631
(-)
glycine
4379195-4379390 (+)
METDI4474
METDI4474
Single gene
DOOR ID:
2640122
METDI4474
View Structure
18
4572594-4572643
(-)
mini-ykkC
4571766-4572573 (-)
METDI4688
METDI4688
Operon
DOOR ID:
593547
METDI4686,
METDI4687,
METDI4688
View Structure
19
4578710-4578819
(-)
ykkC-yxkD
4577310-4578321 (-)
METDI4694
METDI4694
Operon
DOOR ID:
593548
METDI4689,
METDI4690,
METDI4691,
METDI4692,
METDI4693,
METDI4694
View Structure
20
5530021-5530088
(-)
SAH
5528945-5529239 (+)
METDI5562
METDI5562
Single gene
DOOR ID:
2640687
METDI5562
View Structure
Genome:
Methylobacterium extorquens DM4
(
NC_012988.1
);
Phylum:
Alphaproteobacteria
a:21:{i:0;a:18:{i:0;s:5:"S.No.";i:1;s:9:"Genome_ID";i:2;s:11:"Genome_Name";i:3;s:13:"Taxonomy_name";i:4;s:6:"Tax_ID";i:5;s:19:"Riboswitch_Location";i:6;s:17:"Riboswitch_strand";i:7;s:16:"Riboswitch_class";i:8;s:14:"Tandem_Aptamer";i:9;s:24:"Downstream_gene_location";i:10;s:11:"Gene_Strand";i:11;s:20:"Downstream_gene_name";i:12;s:24:"Gene_product_description";i:13;s:9:"Locus_tag";i:14;s:25:"Single_gene/within_operon";i:15;s:9:"Operon_ID";i:16;s:14:"Operon_details";i:17;s:22:"Biological_process[GO]";}i:1;a:19:{i:0;i:1;i:1;s:11:"NC_012988.1";i:2;s:31:"Methylobacterium extorquens DM4";i:3;s:19:"Alphaproteobacteria";i:4;s:5:"28211";i:5;s:13:"550803-550925";i:6;s:1:"-";i:7;s:3:"TPP";i:8;s:0:"";i:9;s:13:"549488-550724";i:10;s:1:"-";i:11;s:4:"thiO";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"METDI0584";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:6:"592848";i:16;s:63:"METDI0581(thiE);METDI0582(thiG);METDI0583(thiS);METDI0584(thiO)";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:2;a:19:{i:0;i:2;i:1;s:11:"NC_012988.1";i:2;s:31:"Methylobacterium extorquens DM4";i:3;s:19:"Alphaproteobacteria";i:4;s:5:"28211";i:5;s:15:"1183271-1183470";i:6;s:1:"+";i:7;s:9:"cobalamin";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"1183588-1185808";i:10;s:1:"+";i:11;s:9:"METDI1298";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"METDI1298";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:6:"592966";i:16;s:19:"METDI1298;METDI1299";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:3;a:19:{i:0;i:3;i:1;s:11:"NC_012988.1";i:2;s:31:"Methylobacterium extorquens DM4";i:3;s:19:"Alphaproteobacteria";i:4;s:5:"28211";i:5;s:15:"1656468-1656677";i:6;s:1:"-";i:7;s:9:"cobalamin";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"1654160-1656362";i:10;s:1:"-";i:11;s:9:"METDI1781";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"METDI1781";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:6:"593037";i:16;s:19:"METDI1780;METDI1781";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:4;a:19:{i:0;i:4;i:1;s:11:"NC_012988.1";i:2;s:31:"Methylobacterium extorquens DM4";i:3;s:19:"Alphaproteobacteria";i:4;s:5:"28211";i:5;s:15:"1986277-1986477";i:6;s:1:"-";i:7;s:9:"cobalamin";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"1986053-1986236";i:10;s:1:"-";i:11;s:9:"METDI2105";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"METDI2105";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:6:"593095";i:16;s:55:"METDI2101;METDI2102(cobW);METDI2103;METDI2104;METDI2105";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:5;a:19:{i:0;i:5;i:1;s:11:"NC_012988.1";i:2;s:31:"Methylobacterium extorquens DM4";i:3;s:19:"Alphaproteobacteria";i:4;s:5:"28211";i:5;s:15:"2167934-2168038";i:6;s:1:"+";i:7;s:3:"TPP";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"2168112-2170005";i:10;s:1:"+";i:11;s:4:"thiC";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"METDI2276";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"2639043";i:16;s:15:"METDI2276(thiC)";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:6;a:19:{i:0;i:6;i:1;s:11:"NC_012988.1";i:2;s:31:"Methylobacterium extorquens DM4";i:3;s:19:"Alphaproteobacteria";i:4;s:5:"28211";i:5;s:15:"2479528-2479592";i:6;s:1:"+";i:7;s:8:"fluoride";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"2479683-2479878";i:10;s:1:"+";i:11;s:9:"MEDTI5951";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"MEDTI5951";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"2639178";i:16;s:9:"MEDTI5951";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:7;a:19:{i:0;i:7;i:1;s:11:"NC_012988.1";i:2;s:31:"Methylobacterium extorquens DM4";i:3;s:19:"Alphaproteobacteria";i:4;s:5:"28211";i:5;s:15:"2480033-2480094";i:6;s:1:"+";i:7;s:8:"fluoride";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"2480363-2482007";i:10;s:1:"+";i:11;s:9:"METDI2570";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"METDI2570";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"2639179";i:16;s:9:"METDI2570";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:8;a:19:{i:0;i:8;i:1;s:11:"NC_012988.1";i:2;s:31:"Methylobacterium extorquens DM4";i:3;s:19:"Alphaproteobacteria";i:4;s:5:"28211";i:5;s:15:"2482099-2482159";i:6;s:1:"+";i:7;s:8:"fluoride";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"2482332-2483085";i:10;s:1:"+";i:11;s:9:"METDI2572";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"METDI2572";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"2639180";i:16;s:9:"METDI2572";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:9;a:19:{i:0;i:9;i:1;s:11:"NC_012988.1";i:2;s:31:"Methylobacterium extorquens DM4";i:3;s:19:"Alphaproteobacteria";i:4;s:5:"28211";i:5;s:15:"2483132-2483191";i:6;s:1:"+";i:7;s:8:"fluoride";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"2483347-2483614";i:10;s:1:"+";i:11;s:9:"METDI2574";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"METDI2574";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"2639181";i:16;s:9:"METDI2574";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:10;a:19:{i:0;i:10;i:1;s:11:"NC_012988.1";i:2;s:31:"Methylobacterium extorquens DM4";i:3;s:19:"Alphaproteobacteria";i:4;s:5:"28211";i:5;s:15:"2484386-2484448";i:6;s:1:"+";i:7;s:8:"fluoride";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"2484647-2486183";i:10;s:1:"+";i:11;s:9:"METDI2576";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"METDI2576";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"2639183";i:16;s:9:"METDI2576";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:11;a:19:{i:0;i:11;i:1;s:11:"NC_012988.1";i:2;s:31:"Methylobacterium extorquens DM4";i:3;s:19:"Alphaproteobacteria";i:4;s:5:"28211";i:5;s:15:"2525539-2525601";i:6;s:1:"+";i:7;s:8:"fluoride";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"2525899-2527309";i:10;s:1:"+";i:11;s:4:"glnA";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"METDI2616";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"2639202";i:16;s:15:"METDI2616(glnA)";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:12;a:19:{i:0;i:12;i:1;s:11:"NC_012988.1";i:2;s:31:"Methylobacterium extorquens DM4";i:3;s:19:"Alphaproteobacteria";i:4;s:5:"28211";i:5;s:15:"2578426-2578486";i:6;s:1:"-";i:7;s:8:"fluoride";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"2577326-2578331";i:10;s:1:"-";i:11;s:9:"METDI2672";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"METDI2672";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:6:"593197";i:16;s:35:"METDI2670;METDI2671(bioD);METDI2672";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:13;a:19:{i:0;i:13;i:1;s:11:"NC_012988.1";i:2;s:31:"Methylobacterium extorquens DM4";i:3;s:19:"Alphaproteobacteria";i:4;s:5:"28211";i:5;s:15:"2579315-2579375";i:6;s:1:"-";i:7;s:8:"fluoride";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"2578740-2578917";i:10;s:1:"-";i:11;s:9:"METDI2673";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"METDI2673";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"2639220";i:16;s:9:"METDI2673";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:14;a:19:{i:0;i:14;i:1;s:11:"NC_012988.1";i:2;s:31:"Methylobacterium extorquens DM4";i:3;s:19:"Alphaproteobacteria";i:4;s:5:"28211";i:5;s:15:"2579572-2579632";i:6;s:1:"+";i:7;s:8:"fluoride";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"2579886-2580144";i:10;s:1:"+";i:11;s:9:"METDI2674";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"METDI2674";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"2639221";i:16;s:9:"METDI2674";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:15;a:19:{i:0;i:15;i:1;s:11:"NC_012988.1";i:2;s:31:"Methylobacterium extorquens DM4";i:3;s:19:"Alphaproteobacteria";i:4;s:5:"28211";i:5;s:15:"2580264-2580324";i:6;s:1:"+";i:7;s:8:"fluoride";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"2580379-2580688";i:10;s:1:"+";i:11;s:9:"METDI2675";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"METDI2675";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"2639222";i:16;s:9:"METDI2675";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:16;a:19:{i:0;i:16;i:1;s:11:"NC_012988.1";i:2;s:31:"Methylobacterium extorquens DM4";i:3;s:19:"Alphaproteobacteria";i:4;s:5:"28211";i:5;s:15:"3311682-3311882";i:6;s:1:"-";i:7;s:9:"cobalamin";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"3309317-3311561";i:10;s:1:"-";i:11;s:9:"METDI3386";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"METDI3386";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"2639593";i:16;s:9:"METDI3386";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:17;a:19:{i:0;i:17;i:1;s:11:"NC_012988.1";i:2;s:31:"Methylobacterium extorquens DM4";i:3;s:19:"Alphaproteobacteria";i:4;s:5:"28211";i:5;s:15:"4379542-4379631";i:6;s:1:"-";i:7;s:7:"glycine";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"4379195-4379390";i:10;s:1:"+";i:11;s:9:"METDI4474";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"METDI4474";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"2640122";i:16;s:9:"METDI4474";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:18;a:19:{i:0;i:18;i:1;s:11:"NC_012988.1";i:2;s:31:"Methylobacterium extorquens DM4";i:3;s:19:"Alphaproteobacteria";i:4;s:5:"28211";i:5;s:15:"4572594-4572643";i:6;s:1:"-";i:7;s:9:"mini-ykkC";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"4571766-4572573";i:10;s:1:"-";i:11;s:9:"METDI4688";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"METDI4688";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:6:"593547";i:16;s:29:"METDI4686;METDI4687;METDI4688";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:19;a:19:{i:0;i:19;i:1;s:11:"NC_012988.1";i:2;s:31:"Methylobacterium extorquens DM4";i:3;s:19:"Alphaproteobacteria";i:4;s:5:"28211";i:5;s:15:"4578710-4578819";i:6;s:1:"-";i:7;s:9:"ykkC-yxkD";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"4577310-4578321";i:10;s:1:"-";i:11;s:9:"METDI4694";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"METDI4694";i:14;s:6:"Operon";i:15;s:6:"593548";i:16;s:59:"METDI4689;METDI4690;METDI4691;METDI4692;METDI4693;METDI4694";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}i:20;a:19:{i:0;i:20;i:1;s:11:"NC_012988.1";i:2;s:31:"Methylobacterium extorquens DM4";i:3;s:19:"Alphaproteobacteria";i:4;s:5:"28211";i:5;s:15:"5530021-5530088";i:6;s:1:"-";i:7;s:3:"SAH";i:8;s:0:"";i:9;s:15:"5528945-5529239";i:10;s:1:"+";i:11;s:9:"METDI5562";i:12;s:0:"";i:13;s:9:"METDI5562";i:14;s:11:"Single gene";i:15;s:7:"2640687";i:16;s:9:"METDI5562";i:17;s:0:"";i:18;s:15:"View Structure ";}}
